<span>On 27/03/11, <b class="name">Yukun Wang </b> &lt;wangykoo@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:AANLkTimgvpqdyvpOHg1TAq0J5XhFZANGaLVNwJqRbQ-8@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html">Hi all:<br />     If I just run a system on one cpu ( no parallel),is the atoms list in the pdb file the same as list of atoms in the data structure of t_state-&gt;x ?<br /></div></blockquote><br />Probably. Look at how the final conformation is written to the .gro file (i.e. with mdrun -c confout.gro). That file has the same atom ordering as the input .tpr file.<br /><br />Mark