<div>Dear all,</div>
<div> </div>
<div>I am calculating the interaction between A and B, where A is positive molecule, B is negative molecule. What I have done is as follows. First I run MD for the system A+B, which consists of 100 A molecules and 100 B molecules respectively, and the whole system is neutral. After MD, I exact trajectory of only 100 A molecules and only 100 B molecules. So now I have three trajectories, 100A, 100B, 100A+100B. Then I use -rerun flag in mdrun command to get potential E of these three systems respectively. The interaction dE between A and B is calculated using the equation dE = E(100A+100B)-E(100A)-E(100B). The value obtained is seemingly reasonable. But when I check the potential compoents, i.e, LJSR, CoulombSR, CoulombLR (or Coul. recip.) terms, one problem is arising. I find the CoulombLR is positive for system 100A. According to my understanding, A is positive and A molecules are repulsive to each other, and so the system of 100 A molecules should have positive CoulombLR potential. But mdrun -rerun for 100A system give negative CoulombLR potential. In MD run, I used PME for coulomb LR interadtion. Is this the reason? Anybody can help explain this?</div>

<div> </div>
<div>Thanks in advance,</div>
<div> </div>
<div>Zhongqiao Hu</div>
<div>Research Fellow</div>
<div>Dept of Chem Biomol Eng</div>
<div>National University of Singapore</div>