<br /><br /><span>On 05/05/11, <b class="name">Lee-Ping </b> &lt;leeping@MIT.EDU&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:1304568443.22002.288.camel@aiyanlu.mit.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Dear all,<br /><br />I would like to implement a new type of vdW interaction.  It's similar<br />to the Buckingham interaction, so I was thinking of adding the<br />interaction in nb_generic.c with ivdw set to 4.  </div></blockquote><br />First, test the idea with the nonbonded interaction tables - see manual and webpage. Don't get hands dirty unnecessarily<br /><br /><blockquote cite="mid:1304568443.22002.288.camel@aiyanlu.mit.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />ivdw will be set to four when the Buckingham interaction is turned on<br />with the combination rule set to 2 (currently this is unused).<br />Unfortunately, it seems like the integer corresponding to the<br />combination rule (comb) is used only in grompp, and when we get to mdrun<br />it is lost.  <br /><br />For LJ parameters, I understand why this makes sense; because grompp<br />does all the parameter processing, and the nonbonded kernels always see<br />c6 and c12 and then apply the same formula; they don't care about the<br />user input because grompp takes care of all that.</div></blockquote><br />Right, but grompp records them together with their type. Check out gmxdump on a .tpr<br />and compare with stuff in src/gmxlib/ifunc.c<br /><br /><blockquote cite="mid:1304568443.22002.288.camel@aiyanlu.mit.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />Since my interaction function actually uses a different functional form,<br />I can't simply combine the parameters differently in grompp and pass<br />them into the Buckingham kernel.  I need a switch in the forcerecord<br />that decides between whether to call the normal Buckingham interaction<br />or my custom one.</div></blockquote><br />Use of Buckingham is triggered by mdrun noticing the types recorded in the .tpr, so you can do a similar thing.<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:1304568443.22002.288.camel@aiyanlu.mit.edu" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Is my analysis correct?  How do I pass the combination rule into &quot;mdrun&quot;<br />so I can trigger my custom VdW interaction?<br /><br />(My current idea is to add the variable into the main gmx_mtop_t<br />topology.  Please let me know if there's a better idea.)<br /><br />Thank you,<br /><br />- Lee-Ping<br /><br />-- <br />gmx-developers mailing list<br />gmx-developers@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.<br /></div></blockquote>