<div dir="ltr">Dear GROMACS developers,<div><br></div><div>I&#39;m trying to modify the pull code and have encountered a segmentation fault in the process. I need some help running GROMACS with gdb. When I execute mdrun with gdb, on using &#39;backtrace&#39; I get</div>

<div><br></div><div><div>(gdb) backtrace full</div><div>#0  _nb_kernel030_x86_64_sse2.nb030_unroll_loop () at nb_kernel030_x86_64_sse2.s:329</div><div>No locals.</div><div>#1  0x3fdbf7e25d753ea9 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div>

<div>#2  0x3fdbf7e25d753ea9 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#3  0x3fda979e858aa137 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#4  0x3fda979e858aa137 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div>

<div>#5  0x40160678c8dd1923 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#6  0x40160678c8dd1923 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#7  0x4092e38cfdd6e1f8 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div>

<div>#8  0x3fea3c3849a97e50 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#9  0xc0c168adf977afb2 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#10 0xbfa833e2faac1228 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div>

<div>#11 0x407e54df4b25981d in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#12 0xbff026a42edd354c in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#13 0x4000000000000000 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div>

<div>#14 0x4000000000000000 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#15 0x409f400000000000 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#16 0x409f400000000000 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div>

<div>#17 0x3fcb98201cd5f99c in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div><div>#18 0x0000000000000000 in ?? ()</div><div>No symbol table info available.</div></div><div><br></div><div><br></div><div>Is it possible to obtain more information from backtrace? Are the libraries being stripped?</div>

<div><br></div><div>Details:</div><div>I compiled the modified code using </div><div>&gt; ./configure CC=gcc --prefix=/home/shachi/gromacs-4.5.1.o --enable-double --with-fft=fftw3 --without-x --enable-debug --program-suffix=_p</div>

<div>&gt; export CFLAGS=-g (even though --enable-debug should already add this)</div><div>&gt; make</div><div>&gt;make install</div><div><br></div><div>Additionally, I modified the configure script to remove all &#39;-O2&#39; and &#39;-O3&#39; flags so that gdb doesn&#39;t get confused.</div>

<div><br></div><div>I invoked gdb using </div><div>&gt; gdb --args mdrun_p -s holer1k1beta1.tpr -v</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>--Shachi</div></div>