
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    You might be experiencing the same thing that was discussed on the

    users list in September:<br>

    <br>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-September/064236.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-September/064236.html</a><br>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-September/064237.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-September/064237.html</a><br>

    <br>

    The conclusion there was to use a small nstpcouple (perhaps =1)

    during equilibration.<br>

    <br>

    Chris.<br>

    <br>

    On 11-10-03 12:53 PM, Miguel Machuqueiro wrote:

    <blockquote cite="mid:4E89E8A7.6010706@fc.ul.pt" type="cite">

      <meta http-equiv="content-type" content="text/html;

        charset=ISO-8859-1">

      <br>

      Hi to all developers,<br>

      <br>

      We have been using GMX here in the group for almost a decade and

      we are familiar with almost all versions of the package.<br>

      Recently, when testing the newer versions (4.5.x) using Reaction

      Field in a simple lysozyme system (4LZT), my system crashed

      constantly.<br>

      <br>

      System: 4LZT (129 a.a.) directly from PDB databank.<br>

      Water: ~6250 molecules<br>

      GMX: 4.5.x (all versions tested)<br>

      ForceField: Gromos 53A6<br>

      Long range elect.: RF, RF-nec, GRF or simply "Cutoff" (all with

      same fate.. crash!)<br>

      Ensemble: NPT or NVT<br>

      <br>

      So, what do we already know about the problem:<br>

      &nbsp;- The crash always starts in the NH bond present in the amides

      (main chain or side chains of GLN and ASN). In the stepxxxx.pdb,

      we observe the hydrogen jumping out of place.<br>

      &nbsp;- The stability of the simulation is dependent on the quality of

      the minimization/initialization procedure. Simple/regular

      procedures leads to crashs within 10 ns of simulation. More

      elaborate protocols of minimization/initialization can delay the

      crashs a little longer.<br>

      &nbsp;- The system crashes independently of the number of "threads"

      used (1-12).<br>

      &nbsp;- The instability only leads to crashs when dealing with proteins

      &gt;100 a.a.. Simulating a 15 a.a. peptide for over 1 microsecond

      does not lead to a crash.<br>

      &nbsp;- No problem/crash is observed when using PME.<br>

      &nbsp;- No problem/crash is observed when using GMX versions prior to

      4.0.7.<br>

      <br>

      My question is this, what might have happen with the RF code

      between versions 4.0.x and 4.5.x that leads to this problem? Or is

      there any specific parameter to be used with RF/Cutoff to avoid

      these problems?<br>

      <br>

      Even though RF is not very popular with GMX developers, it has

      been essential for the development of our in house Constant-pH MD

      method (<a moz-do-not-send="true"

href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Constant_pH_Simulation?highlight=constant+pH">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Constant_pH_Simulation</a>).<br>

      <br>

      On a typical MD run we use the following MDP file, or a similar

      one.<br>

      <br>

      ________________<br>

      integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>

      tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

      dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>

      nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000000<br>

      comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>

      nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

      nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

      nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

      nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

      nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

      nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

      nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>

      xtc-precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>

      energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein SOL<br>

      nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>

      ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>

      pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>

      periodic_molecules&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

      rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>

      coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Reaction-Field<br>

      rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

      rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>

      epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

      epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 54<br>

      vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>

      rvdw-switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>

      rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>

      DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>

      tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>

      tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein SOL<br>

      tau-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1<br>

      ref-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 298.15 298.15<br>

      Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>

      Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Isotropic<br>

      tau-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>

      compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>

      ref-p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

      refcoord_scaling&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>

      gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>

      constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>

      constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs<br>

      lincs-order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>

      lincs-iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>

      lincs-warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 90<br>

      ___________________________<br>

      <br>

      Thank you for any help you can assist us.<br>

      <br>

      Regards,<br>

      Miguel<br>

      &nbsp;<br>

      <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

============================================

Miguel Machuqueiro

Department of Chemistry and Biochemistry

Faculty of Sciences, University of Lisbon

Campo Grande, Edif&iacute;cio C8 (sala 8.5.47)

1749-016 Lisboa, Portugal

Tel.  : +351 217500112 (int.ext.28547)

Mobile: +351 967562285

E-mail: machuque at fc.ul.pt

www1: <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://webpages.fc.ul.pt/%7Emamachuqueiro">http://webpages.fc.ul.pt/~mamachuqueiro</a>

www2: <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://intheochem.fc.ul.pt">http://intheochem.fc.ul.pt</a>

______________________________________________


</pre>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>