Hi,<br>I&#39;m writting to you because I have a problem with modifying Gromacs code. I wonder if you ever have found similar problem. I will be very grateful for any advice or information about people who did the same things before:<br>
<br>I do simulations of proteins on solid surface. I modified force field in a way, that atoms of solid surface have charges equal zero. Values of potential and force comming from real charges on these atoms I determined in junctions of 3D lattice over surface and located in separated file. I modified Gromacs code to read this file and use calculated values in simulations. During simulations potential and force for atoms located between junctions are determined as weighted mean of neighbouring junctions.<br>
<br>And all this look good, but my simulations crash, because of Lennard-Jones interactions. I found that many angstroms over surface LJ energy is extremely big. What is more, it is different in the same place but over other unit cells of surface. I didn&#39;t change parts of code that are connected with LJ calculations.<br>
<br>I know, it is difficult to say something on the basis of such description, but maybe you have some ideas what I overlooked, that may gives such results.<br><br>Best wishes,<br>Aksonik<br>