<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
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configure<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal># script, and Makefile.in is generated from Makefile.am by automake.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>AM_CPPFLAGS = -I$(top_srcdir)/include -DGMXLIBDIR=\"$(datadir)/top\" <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>libmd@LIBSUFFIX@_la_LIBADD = ../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>libmd@LIBSUFFIX@_la_DEPENDENCIES = ../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>libmd@LIBSUFFIX@_la_LDFLAGS = -no-undefined -version-info @SHARED_VERSION_INFO@ $(FFT_LIBS) $(XML_LIBS) $(PT<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>HREAD_LIBS)<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>lib_LTLIBRARIES = libmd@LIBSUFFIX@.la<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>pkgconfigdir = ${libdir}/pkgconfig<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>pkgconfig_DATA = libmd@LIBSUFFIX@.pc<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>EXTRA_DIST = libmd.pc.cmakein<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>libmd@LIBSUFFIX@_la_SOURCES = \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> calcmu.c calcvir.c constr.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> coupling.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> domdec.c domdec_box.c domdec_con.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> domdec_network.c domdec_setup.c domdec_top.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> ebin.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> edsam.c ewald.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> force.c forcerec.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> ghat.c init.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> iteratedconstraints.c md_support.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> mdatom.c mdebin.c minimize.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> mvxvf.c ns.c nlistheuristics.c nsgrid.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> perf_est.c genborn.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_sse2_single.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_sse2_single.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_sse2_double.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_sse2_double.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_allvsall.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_allvsall.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_allvsall_sse2_single.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_allvsall_sse2_single.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_allvsall_sse2_double.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> genborn_allvsall_sse2_double.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> gmx_qhop_parm.c gmx_qhop_parm.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> gmx_qhop_xml.c gmx_qhop_xml.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> groupcoord.c groupcoord.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> pme.c pme_pp.c pppm.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> partdec.c pull.c pullutil.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> rf_util.c shakef.c sim_util.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> shellfc.c stat.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> tables.c tgroup.c tpi.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> update.c vcm.c vsite.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> wall.c wnblist.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> csettle.c clincs.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> qmmm.c gmx_fft.c gmx_parallel_3dfft.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> fft5d.c fft5d.h \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> gmx_wallcycle.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> qm_gaussian.c qm_mopac.c qm_gamess.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> gmx_fft_fftw2.c gmx_fft_fftw3.c gmx_fft_fftpack.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> gmx_fft_mkl.c qm_orca.c mdebin_bar.c \<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> <span lang=DE>mdebin_bar.h<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=DE><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span lang=DE>LDADD = ../mdlib/libmd@LIBSUFFIX@.la ../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>EXTRA_PROGRAMS = gmx_qhop_db_test<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>gmx_qhop_db_test_LDADD = ../mdlib/libmd@LIBSUFFIX@.la ../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la ../kernel/libgmxpreprocess@LIB<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>SUFFIX@.la<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal># clean all libtool libraries, since the target names might have changed<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>CLEANFILES = *.la *~ \\\#*<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>I tried to add my libraries to the “LDADD” as well as the “libmd@LIBSUFFIX@_la_LDFLAGS” variables, without success.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>During linkage, I still get “gromacs-4.5.5/src/mdlib/.libs/libmd.so: undefined reference to …” errors.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Which is the easiest way to add my required libraries to make them part of libmd?<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Thanks and regards,<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Michael Steyer<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><font face="monospace">--------------------------------------------------------------------------------------<br>
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