<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
On 7/12/2011 1:48 AM, Steyer, Michael wrote:
<blockquote
cite="mid:435B759152E6314F97D26374B5E9F33FD686AD44A7@irsmsx501.ger.corp.intel.com"
type="cite">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
charset=ISO-8859-1">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered
medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
{font-family:Calibri;
panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
{margin:0in;
margin-bottom:.0001pt;
font-size:11.0pt;
font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
{mso-style-priority:99;
color:blue;
text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
{mso-style-priority:99;
color:purple;
text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
{mso-style-type:personal-compose;
font-family:"Calibri","sans-serif";
color:windowtext;}
.MsoChpDefault
{mso-style-type:export-only;
font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
{size:8.5in 11.0in;
margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
{page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I modified the gromacs-4.5.5/src/mdlib/ns.c
file, there are different libraries now used by ns.c.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">As ns.o will later be linked to libmd, I
want to know where I can add my additional includes and
libraries.</p>
</div>
</blockquote>
<br>
libmd doesn't need or want to know about other libraries. For
example it is dependent on libgmx, but construction of the libmd
library files doesn't know when/if libgmx will ever exist.<br>
<br>
Only at link time do the names have to get resolved. You can supply
extra libraries to the configure line, e.g. something like
./configure LDFLAGS="-L/place/of/fancy/lib -lmyfancylib"<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<blockquote
cite="mid:435B759152E6314F97D26374B5E9F33FD686AD44A7@irsmsx501.ger.corp.intel.com"
type="cite">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I focused on the
gromacs-4.5.5/src/mdlib/Makefile.am which will then generate
Makefile.in, using the autotools.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The gromacs-4.5.5/src/mdlib/Makefile.am:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">## Process this file with automake to
produce Makefile.in<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># Note: Makefile is automatically generated
from Makefile.in by the configure<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"># script, and Makefile.in is generated from
Makefile.am by automake.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">AM_CPPFLAGS = -I$(top_srcdir)/include
-DGMXLIBDIR=\"$(datadir)/top\" <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">libmd@LIBSUFFIX@_la_LIBADD =
../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">libmd@LIBSUFFIX@_la_DEPENDENCIES =
../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">libmd@LIBSUFFIX@_la_LDFLAGS =
-no-undefined -version-info @SHARED_VERSION_INFO@ $(FFT_LIBS)
$(XML_LIBS) $(PT<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">HREAD_LIBS)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">lib_LTLIBRARIES = <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:libmd@LIBSUFFIX@.la">libmd@LIBSUFFIX@.la</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">pkgconfigdir = ${libdir}/pkgconfig<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">pkgconfig_DATA = <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:libmd@LIBSUFFIX@.pc">libmd@LIBSUFFIX@.pc</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">EXTRA_DIST = libmd.pc.cmakein<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">libmd@LIBSUFFIX@_la_SOURCES = \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> calcmu.c calcvir.c
constr.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> coupling.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> domdec.c domdec_box.c
domdec_con.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> domdec_network.c domdec_setup.c
domdec_top.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ebin.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> edsam.c ewald.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> force.c forcerec.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ghat.c init.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> iteratedconstraints.c md_support.c
\<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> mdatom.c mdebin.c
minimize.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> mvxvf.c ns.c
nlistheuristics.c nsgrid.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> perf_est.c
genborn.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_sse2_single.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_sse2_single.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_sse2_double.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_sse2_double.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_allvsall.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_allvsall.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_allvsall_sse2_single.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_allvsall_sse2_single.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_allvsall_sse2_double.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
genborn_allvsall_sse2_double.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gmx_qhop_parm.c
gmx_qhop_parm.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gmx_qhop_xml.c
gmx_qhop_xml.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> groupcoord.c
groupcoord.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> pme.c pme_pp.c
pppm.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> partdec.c pull.c
pullutil.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> rf_util.c shakef.c
sim_util.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> shellfc.c stat.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> tables.c tgroup.c
tpi.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> update.c vcm.c
vsite.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> wall.c wnblist.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> csettle.c clincs.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> qmmm.c gmx_fft.c
gmx_parallel_3dfft.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> fft5d.c fft5d.h \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gmx_wallcycle.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> qm_gaussian.c qm_mopac.c
qm_gamess.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gmx_fft_fftw2.c gmx_fft_fftw3.c
gmx_fft_fftpack.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> gmx_fft_mkl.c qm_orca.c
mdebin_bar.c \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <span lang="DE">mdebin_bar.h<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="DE">LDADD =
../mdlib/libmd@LIBSUFFIX@.la ../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">EXTRA_PROGRAMS = gmx_qhop_db_test<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">gmx_qhop_db_test_LDADD =
../mdlib/libmd@LIBSUFFIX@.la ../gmxlib/libgmx@LIBSUFFIX@.la
../kernel/libgmxpreprocess@LIB<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:SUFFIX@.la">SUFFIX@.la</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"># clean all libtool libraries, since the
target names might have changed<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CLEANFILES = *.la *~ \\\#*<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I tried to add my libraries to the “LDADD”
as well as the “libmd@LIBSUFFIX@_la_LDFLAGS” variables,
without success.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">During linkage, I still get
“gromacs-4.5.5/src/mdlib/.libs/libmd.so: undefined reference
to …” errors.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Which is the easiest way to add my required
libraries to make them part of libmd?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks and regards,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Michael Steyer<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<font face="monospace">--------------------------------------------------------------------------------------<br>
Intel GmbH<br>
Dornacher Strasse 1<br>
85622 Feldkirchen/Muenchen, Deutschland <br>
Sitz der Gesellschaft: Feldkirchen bei Muenchen<br>
Geschaeftsfuehrer: Douglas Lusk, Peter Gleissner, Hannes
Schwaderer<br>
Registergericht: Muenchen HRB 47456 <br>
Ust.-IdNr./VAT Registration No.: DE129385895<br>
Citibank Frankfurt a.M. (BLZ 502 109 00) 600119052</font>
<br>
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
<br>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>