<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 1, 2012 at 3:44 PM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div class="im">On <a href="tel:2012-02-01%2021" value="+12012020121">2012-02-01 21</a>:22, Roland Schulz wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Mon, Jan 2, 2012 at 4:48 AM, David van der Spoel<br>
</div><div><div class="h5">&gt; &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;     I&#39;m trying to debug some redmine issues and find myself stuck due to<br>
&gt;     above error:<br>
&gt;<br>
&gt;     Program received signal EXC_BAD_ACCESS, Could not access memory.<br>
&gt;     Reason: KERN_INVALID_ADDRESS at address: 0x0000000000000001<br>
&gt;     0x00000001006521b1 in tMPI_Spinlock_trylock (x=0x100d00fa0) at<br>
&gt;     gcc_x86.h:244<br>
&gt;     244         __asm__ __volatile__(&quot;\tmovl $1, %0\n&quot;     /* set eax to<br>
&gt;     1, the<br>
&gt;     locked<br>
&gt;     (gdb) where<br>
&gt;     #0  0x00000001006521b1 in tMPI_Spinlock_trylock (x=0x100d00fa0) at<br>
&gt;     gcc_x86.h:244<br>
&gt;     #1  0x000000010065225f in tMPI_Lock_lock (lock=0x100d00fa0) at lock.c:69<br>
&gt;     #2  0x00000001003d1635 in gmx_fio_lock (fio=0x100d00f20) at gmxfio.c:252<br>
&gt;     #3  0x00000001003d176c in gmx_fio_insert (fio=0x100d00f20) at<br>
&gt;     gmxfio.c:305<br>
&gt;     #4  0x00000001003d1fb3 in gmx_fio_open (fn=0x100d01a20 &quot;md.log&quot;,<br>
&gt;     mode=0x100671a8e &quot;w+&quot;) at gmxfio.c:570<br>
&gt;     #5  0x00000001003d2273 in gmx_fio_fopen (fn=0x100d01a20 &quot;md.log&quot;,<br>
&gt;     mode=0x100671a8e &quot;w+&quot;) at gmxfio.c:643<br>
&gt;     #6  0x00000001003e5bbb in gmx_log_open (lognm=0x100d00c10 &quot;md.log&quot;,<br>
&gt;     cr=0x100d00900, bMasterOnly=1, Flags=7168, fplog=0x7fff5fbfe4a0) at<br>
&gt;     main.c:310<br>
&gt;     #7  0x00000001000269fe in main (argc=1, argv=0x7fff5fbff790) at<br>
&gt;     mdrun.c:651<br>
&gt;<br>
&gt;     I&#39;m on Mac OSX Lion (10.7.2)<br>
&gt;     [artemisiabmcuuse:713/spc] % gcc -h<br>
&gt;     i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2: no input files<br>
&gt;<br>
&gt;     Any clues?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Any news on this problem? It seems to occur only with llvm backend. GCC<br>
&gt; with standard backend or ICC on Mac are both OK.<br>
<br>
</div></div>Haven&#39;t tested this recently, am compiling with regular mpi instead.<br>
I&#39;ll try to clean up my mac from superfluous compilers.<br></blockquote><div><br></div><div>It seems to be fixed by <a href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/412/">https://gerrit.gromacs.org/#/c/412/</a> . But because the merge isn&#39;t submitted yet, 4.6 and master still have the issue.</div>

<div><br></div><div>Roland</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">&gt;<br>
&gt; Roland<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;     Will try it on Linux next.<br>
&gt;<br>
&gt;     --<br>
&gt;     David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
&gt;     Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
&gt;     Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: <a href="tel:%2B46184714205" value="+46184714205">+46184714205</a><br>
</div>&gt;     &lt;tel:%2B46184714205&gt;.<br>
&gt;     <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>
<div class="im">&gt;     <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
&gt;     --<br>
&gt;     gmx-developers mailing list<br>
</div>&gt;     <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>
<div class="im">&gt;     <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt;     Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;     www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a><br>
</div>&gt;     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a> &lt;<a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">http://cmb.ornl.gov</a>&gt;<br>
</font></span><div class="im HOEnZb">&gt; <a href="tel:865-241-1537" value="+18652411537">865-241-1537</a>, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">--<br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  <a href="tel:%2B46184714205" value="+46184714205">+46184714205</a>.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>