<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Hi Michael,</span></div><div><span><br></span></div><div><span>I can be mistaken, but, though there are energy-only kernels, I do not remember of an easy way of calculating only a specific set of energy contributions. In MD we always need to calculate everything, but in MC this is not so.</span></div><div><span><br></span></div><div><span>Cheers,</span></div><div><span>Andre.</span></div><div><br></div>  <div style="font-size: 12pt; font-family: arial, helvetica, sans-serif; "> <div style="font-size: 12pt; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; "> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> "Shirts, Michael (mrs5pt)" &lt;mrs5pt@eservices.virginia.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> André Assunção S. T. Ribeiro
 &lt;aastr@yahoo.com.br&gt;; Discussion list for GROMACS development &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;; Jared Thompson &lt;thompson.jared.79@gmail.com&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Quarta-feira, 1 de Fevereiro de 2012 14:19<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [gmx-developers] Monte Carlo Simulations<br> </font> </div> <br>Hi, Andre-<br><br>&gt; As Michael said, the main problem would be making a consistent framework for<br>&gt; several MC move types and compatibility with the MD code. Furthermore, for<br>&gt; straight MC simulations, significant changes would need to be made to<br>&gt; energy/force evaluation routines and possibly parallelization routines too.<br><br>There are already inner loops that are energy only, so that's not an issue<br>-- that level of planning has for MC has been around for a while.&nbsp; I don't<br>think the parallelization issues of MC have been thought about as
 much, but<br>the current scheme should work fine for a first pass.<br><br>&gt; As to the MC moves, as I said<br>&gt; earlier, the CRA moves and simple moves for rigid body motion and internal<br>&gt; coordinate displacement have been implemented. I am also implementing the<br>&gt; CRRUBAR moves of Betancourt (JCP 2005, JCP 2011). There is oubviously a large<br>&gt; number of other MC moves for various types of molecules that could be<br>&gt; implemented, and if we are able to group of number of people working on this<br>&gt; it would be great.<br><br>Once we get the framework in, I think people can definitely go crazy with<br>the moves.&nbsp; One other aspect of this is being able to validate move sets<br>producing the correct ensemble. I have some code working (hopefully paper<br>sent for review soon) that will be able to do this.<br><br>Best,<br>~~~~~~~~~~~~<br>Michael Shirts<br>Assistant Professor<br>Department of Chemical Engineering<br>University
 of Virginia<br><a ymailto="mailto:michael.shirts@virginia.edu" href="mailto:michael.shirts@virginia.edu">michael.shirts@virginia.edu</a><br>(434)-243-1821<br><br><br>&gt; As to the MC moves, as I said<br>&gt; earlier, the CRA moves and simple moves for rigid body motion and internal<br>&gt; coordinate displacement have been implemented. I am also implementing the<br>&gt; CRRUBAR moves of Betancourt (JCP 2005, JCP 2011). There is oubviously a large<br>&gt; number of other MC moves for various types of molecules that could be<br>&gt; implemented, and if we are able to group of number of people working on this<br>&gt; it would be great.<br>&gt; <br>&gt; Cheers,<br>&gt; Andre.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ________________________________<br>&gt;&nbsp; De: Jared Thompson &lt;<a ymailto="mailto:thompson.jared.79@gmail.com" href="mailto:thompson.jared.79@gmail.com">thompson.jared.79@gmail.com</a>&gt;<br>&gt; Para: André Assunção S. T. Ribeiro &lt;<a
 ymailto="mailto:aastr@yahoo.com.br" href="mailto:aastr@yahoo.com.br">aastr@yahoo.com.br</a>&gt;; Discussion list for<br>&gt; GROMACS development &lt;<a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; Enviadas: Quarta-feira, 1 de Fevereiro de 2012 13:41<br>&gt; Assunto: Re: [gmx-developers] Monte Carlo Simulations<br>&gt;&nbsp; <br>&gt; <br>&gt; Andre,<br>&gt; MC/MD is good, but I was thinking more of a robust, state-of-the-art MC<br>&gt; simulation platform for GROMACS. I would like to have something like this for<br>&gt; my Ph.D. thesis.<br>&gt; <br>&gt; ~j<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; 2012/1/31 André Assunção S. T. Ribeiro &lt;<a ymailto="mailto:aastr@yahoo.com.br" href="mailto:aastr@yahoo.com.br">aastr@yahoo.com.br</a>&gt; &nbsp;<br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; Some time ago I sent an email saying that the CRA moves of Ulmschneider
 and<br>&gt;&gt; Jorgensen had been implemented in 4.5.3. Since then we have used this code in<br>&gt;&gt; combination with regular MD and the results seem promising. A paper reporting<br>&gt;&gt; our earlier results has been recently published (DOI&nbsp;10.1002/jcc.22925). The<br>&gt;&gt; code is still based on 4.5.3, but I could put this into the latest<br>&gt;&gt; development version, if that interests anyone.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; Cheers,<br>&gt;&gt; Andre.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; ________________________________<br>&gt;&gt; De: "Shirts, Michael (mrs5pt)" &lt;<a ymailto="mailto:mrs5pt@eservices.virginia.edu" href="mailto:mrs5pt@eservices.virginia.edu">mrs5pt@eservices.virginia.edu</a>&gt;<br>&gt;&gt; Para: Discussion list for GROMACS development &lt;<a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt; Enviadas: Terça-feira, 31
 de Janeiro de 2012 22:31<br>&gt;&gt; Assunto: Re: [gmx-developers] Monte Carlo Simulations<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; Hi, all-<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; MC is definitely an interest of mine, and I think I've already volunteered<br>&gt;&gt; to help organize more MC functionality on the core developer side.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; Any MC functionality will be part of 5.0 going forward, and will not be in<br>&gt;&gt; any 4.0 version.&nbsp; The most likely scenario (there's no settled plan yet) is<br>&gt;&gt; to have MC be the parent integrator, and have MD as essentially a<br>&gt;&gt; rejectionless MC variant; this will allow things like hybrid MD/MC, etc.<br>&gt;&gt; The integrator code is too complicated right now, and this will likely be<br>&gt;&gt; part of a larger effort to make the integrators simpler in 5.0.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; Right now all<br>&gt;&nbsp; the developers are concentrating very hard on getting 4.6 out<br>&gt;&gt; the
 door, so there is not much time to think about it new 5.0 features.&nbsp; But<br>&gt;&gt; definitely ping me about this as soon as you hear about 4.6 being released,<br>&gt;&gt; and we'll start diving in.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; The hard part is not WRITING the MC code, it's fitting it into the rest of<br>&gt;&gt; the code in a smooth way.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; Best,<br>&gt;&gt; ~~~~~~~~~~~~<br>&gt;&gt; Michael Shirts<br>&gt;&gt; Assistant Professor<br>&gt;&gt; Department of Chemical Engineering<br>&gt;&gt; University of Virginia<br>&gt;&gt; <a ymailto="mailto:michael.shirts@virginia.edu" href="mailto:michael.shirts@virginia.edu">michael.shirts@virginia.edu</a><br>&gt;&gt; (434)-243-1821<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt;&gt; From: Jared Thompson &lt;<a ymailto="mailto:thompson.jared.79@gmail.com" href="mailto:thompson.jared.79@gmail.com">thompson.jared.79@gmail.com</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Reply-To: Discussion list for GROMACS
 development<br>&gt;&gt;&gt; &lt;<a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Date: Tue, 31 Jan 2012 19:00:32 -0500<br>&gt;&gt;&gt; To: &lt;<a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Subject: [gmx-developers] Monte Carlo Simulations<br>&gt;&gt;&gt; <br>&gt;&gt;&gt; Hi All,<br>&gt;&gt;&gt; <br>&gt;&gt;&gt; There has been some discussion in the past with regards to developing a<br>&gt;&gt;&gt; Monte Carlo integrator for the gromacs platform. I recently downloaded and<br>&gt;&gt;&gt; poked through 4.5.5 and I can't find anything in it that looks like a MC<br>&gt;&gt;&gt; integrator function (I'm thinking of do_md). Does anyone have an update on<br>&gt;&gt;&gt; that or what? Does anyone feel like helping me develop a nice MC scheme in<br>&gt;&gt;&gt;
 Gromacs?<br>&gt;&gt;&gt; <br>&gt;&gt;&gt; ~j<br>&gt;&gt;&gt; -- <br>&gt;&gt;&gt; gmx-developers mailing list<br>&gt;&gt;&gt; <a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>&gt;&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; --<br>&gt;&gt; gmx-developers mailing list<br>&gt;&gt; <a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; --<br>&gt;&gt; gmx-developers mailing list<br>&gt;&gt; <a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-developers mailing list<br>&gt; <a ymailto="mailto:gmx-developers@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br><br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>