Thanks for the answer. Am I correct in saying that if I want to activate two options (say ANA_USE_TOPX  and ANA_NOUSER_PBC, which might not make any sense!) for a trajectory, I need to call gmx_ana_traj_create with flags=ANA_USE_TOPX | ANA_NOUSER_PBC? <div>
<br></div><div>Sorry if my questions are silly, I am more familiar with c++ than c and I have used rarely bitwise operations.</div><div>Cheers</div><div>Paolo<br><br><div class="gmail_quote">On 11 April 2012 11:26, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Paolo,<br>
<br>
If you use masking and other bitwise operations, it is handy to know<br>
which bit is set; the second for ANA_USE_TOPX and the fifth for<br>
ANA_NOUSER_PBC. Of course it&#39;s equal to 2 and 16, but that notation<br>
makes it a bit less obvious what to do with bitwise operations.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<div><div class="h5"><br>
On Wed, Apr 11, 2012 at 11:18 AM, Paolo Franz &lt;<a href="mailto:paolo.franz@gmail.com">paolo.franz@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hello everybody,<br>
&gt; For sometimes, I have been developing analysis tools for gromacs<br>
&gt; trajectories using the gromacs library. I am puzzled about some definitions<br>
&gt; in the file trajana.h, which I do not seem to understand completely. Why are<br>
&gt; definitions such as<br>
&gt;<br>
&gt; #define ANA_USE_TOPX         (1&lt;&lt;1)<br>
&gt;<br>
&gt; #define ANA_NOUSER_PBC       (1&lt;&lt;4)<br>
&gt;<br>
&gt; used in the code? What is the purpose of this bitwise shift - why not set<br>
&gt; ANA_USE_TOPX and ANA_NOUSER_PBC to 2 and 16 for instance??<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks in advance<br>
&gt;<br>
&gt; Paolo<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div>&gt; --<br>
&gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
* Zernike Institute for Advanced Materials<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>