<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>16 apr 2012 kl. 11.32 skrev Erik Marklund:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Hi,<br><br>I have a few trajectories from simulations of solvated proteins and DNA that causes problems when I pass them through trjconv. Here's the command line:<br><br>trjconv &nbsp;-f run.xtc -s run.tpr -o tst.xtc -pbc mol<br><br>Choosing group "Protein" for output, I get heaps of inconsistent shits:<br><br>"...<br>There were 1 inconsistent shifts. Check your topology00 time 4000.000 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>There were 1 inconsistent shifts. Check your topology<br>..."<br><br>These trajectories were saved frequently, some every 10 ps. If I use -dt 1000 the errors disappear, probably because I skip certain problematic frames. No problems were reported in the logfiles from the simulations and this problem appears in braches release-4-6 and release-4-5-patches, and the official 4.5.5 release. The simulations were all done with release-4-5-patches.<br><br>To me this looks like a bug.<br></div></blockquote><div><br></div><div><br></div>I gess my qustion is: should I file a redmine?</div><div><br><blockquote type="cite"><div><br>-----------------------------------------------<br>Erik Marklund, PhD<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596, &nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone: &nbsp;&nbsp;&nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: +46 18 511 755<br><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a><br>http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html<br><br>--<br>gmx-developers mailing list<br>gmx-developers@gromacs.org<br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.<br></div></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>-----------------------------------------------</div><div>Erik Marklund, PhD</div><div>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</div><div>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden</div><div>phone: &nbsp; &nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: +46 18 511 755</div><div><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a></div><div><a href="http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html">http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html</a></div></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>