<div><div>Dear gromacs developers,</div><div>I am trying to implement in gromacs 4.5.5 a particular Hemiltonian Replica Exchange tecnique. </div><div>Right now, at every exchange attempt in do_md, I figured out  how to access at the potential </div>
<div>energy of replica A (=configuration A at temperature A) and B (=configuration B at temperature B) and so on.</div><div> </div><div>In my case, each replica has the same temperature, but there is a different Hemiltonian equation for every replica. </div>
<div>The different Hemiltonian are obtained simply changing the force field parameters in the input topology so I dont </div><div>need to modify anything in gromacs.</div><div><br></div><div>But at every exchange attempt I have to test if the configuration B can exist in the state A so I need to calculate</div>
<div>its potential energy using the force field data of replica A. </div><div><br></div><div>I found that function sum_epot calculates the potential energy but I suspect that it uses values calculated in </div><div>do_force since sum_epot is called by do_force_lowlevel in turn called by do_force. </div>
<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>So my question is, should I call do_force in replica A with coordinates from replica B reach my goal?</div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div><br></div><div>
Francesco</div></div><div><br></div>