Dear Berk<br><br><div class="gmail_quote">2012/7/16 Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:hess@kth.se" target="_blank">hess@kth.se</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div><div class="h5">
    <div>On 7/16/12 13:05 , francesco oteri
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div>
        <div>Dear gromacs developers,</div>
        <div>I am trying to implement in gromacs 4.5.5 a particular
          Hemiltonian Replica Exchange tecnique. </div>
        <div>Right now, at every exchange attempt in do_md, I figured
          out  how to access at the potential </div>
        <div>energy of replica A (=configuration A at temperature A) and
          B (=configuration B at temperature B) and so on.</div>
        <div> </div>
        <div>In my case, each replica has the same temperature, but
          there is a different Hemiltonian equation for every replica. </div>
        <div>The different Hemiltonian are obtained simply changing the
          force field parameters in the input topology so I dont </div>
        <div>need to modify anything in gromacs.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>But at every exchange attempt I have to test if the
          configuration B can exist in the state A so I need to
          calculate</div>
        <div>its potential energy using the force field data of replica
          A. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I found that function sum_epot calculates the potential
          energy but I suspect that it uses values calculated in </div>
        <div>do_force since sum_epot is called by do_force_lowlevel in
          turn called by do_force. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>So my question is, should I call do_force in replica A with
          coordinates from replica B reach my goal?</div>
      </div>
    </blockquote></div></div>
    Yes.<br>
    Are you changing bonded and/or non-bonded parameters?<br>
    Some non-bonded parameters might be preprocessed, so you might need
    reprocess those<br>
    and them reprocesses again to get back to the original state.<br>
    <br></div></blockquote><div><br></div><div>Which parameters need such a preprocessing?</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Note that 4.6 will have proper Hamiltonian replica exchange, but
    that will use the lambda coupling<br>
    parameter approach. If you need to do something similar, it might be
    much simpler to use this code.<br>
    <br></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div><div>Actually I did it but I the performance decrease a lot (2x). </div><div>In particular I run the same run with free_energy  = yes and free_energy = no and in the second case the run is 2times faster. </div>
<div>I found in the mailing list that this performance drop is known. </div><div><br></div><div>Since I dont need to change lambda along the simulation, I prefer using a modified input topology and running a normal REMD changing something in repl_ex.c and md.c.   </div>
<div><br></div><div>Of course, any suggestions to improve performance are wellcome :)</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Cheers,<br>
    <br>
    Berk<br>
    <blockquote type="cite">
      <div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          Francesco</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </div>

<br>--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Cordiali saluti, Dr.Oteri Francesco<br>