<div class="gmail_quote">On Sat, Jul 28, 2012 at 3:00 AM, Roland Schulz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu" target="_blank">roland@utk.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">On Thu, Jul 26, 2012 at 10:56 PM, Szilárd Páll &lt;<a href="mailto:szilard.pall@cbr.su.se">szilard.pall@cbr.su.se</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Note the *important* adjective above ;)<br>
&gt;<br>
&gt; XML and GSL is irrelevant and I think we can be a bit smart and prune some<br>
&gt; configs that we can be fairly confident that they&#39;re more or less<br>
&gt; equivalent.<br>
&gt;<br>
&gt; Not sure what you mean by &quot;3 parallelization&quot;; if it&#39;s MPI, tMPI, and OpenMP<br>
&gt; than it&#39;s two or four (depending on weather we want to test both MPI/tMPI +<br>
&gt; OpenMP on/off).<br>
</div>I meant no-mpi, libMPI, tMPI.<br>
<div class="im"><br>
&gt; The number of (CPU) acceleration types can be slightly<br>
&gt; reduced as I wouldn&#39;t consider anything but SSE/AVX that highly important.<br>
&gt; Also, I&#39;d consider only three OS-es and on some of them not all compilers<br>
&gt; are available.<br>
&gt;<br>
&gt; So we&#39;re left with ~ 10x2x3x2x4 = 480 configs per OS (and less on Win).<br>
</div>Sure but then you are already missing many possible configurations.<br></blockquote><div><br></div><div>Right, but there are some that are relevant for many users and some that are pretty much irrelevant for most (e.g. no tMPI &amp; no MPI &amp; no OpenMP).</div>
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I&#39;m wondering whether it would make sense to pick randomly<br>
configurations from the all-vs-all configuration matrix. The most</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
important configurations would already be tested by the Gerrit<br>
auto-trigger and with the random selection all odd combinations have a<br>
change to get picked over time.<br></blockquote><div><br></div><div>Randomly picking configurations could work, but unless the full coverage is achieved in just a few weeks, it&#39;s not very effective, I think.</div><div>
<br></div></div><div class="gmail_quote"><div>Additionally, the current gerrit auto-triggered configurations could use some extending.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div class="im"><br>
&gt; Assuming that each build takes ~3 min which is the case on 2-3 cores (note<br>
&gt; that I mean build only!),<br>
</div>No the build time is currently much higher on all VMs. The IO<br>
performance is a significant factor.<br></blockquote><div><br></div><div>That&#39;s partly because of the tests. I/O is indeed an issue, we&#39;re planning to move the virtual disks with jenkins worspaces to SSDs, somebody just needs to find the time to do it.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
&gt; Even if we multiply the above 24h/4cores/OS with 3-4, it&#39;s still a rather<br>
&gt; manageable number especially that AFAIK hardware resources are not the<br>
&gt; biggest issue.<br>
</div>It should be easy to setup. I&#39;m happy to help anyone who wants to add<br>
more Jenkins jobs.<br></blockquote><div><br></div><div>I know a few more that should be added, I&#39;ll try to add more when the NxN code is in.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br>
Roland<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt; Sz.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Roland<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; Szilárd<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Mac. So it is somewhat surprising that you have 2 independent<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; problems.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Roland<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Many thanks,<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Jochen<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Dr. Jochen Hub<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Computational Molecular Biophysics Group<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Institute for Microbiology and Genetics<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Georg-August-University of Göttingen<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Justus-von-Liebig-Weg 11, 37077 Göttingen, Germany.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Phone: <a href="tel:%2B49-551-39-14189" value="+495513914189">+49-551-39-14189</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://cmb.bio.uni-goettingen.de/" target="_blank">http://cmb.bio.uni-goettingen.de/</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; 865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt;&gt; &gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; &gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>
&gt;&gt; 865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">cmb.ornl.gov</a><br>
865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br>