<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">On 24/08/2012 12:39 PM, Roland Schulz
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAO2TwbnYv8jhB9CefQLibYiKg84afAgU5-jFpm3z2WUm-roM-w@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Thu, Aug 23, 2012 at 7:33 PM, Thomas
        Evangelidis <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:tevang3@gmail.com" target="_blank">tevang3@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div>
            <br>
            <br>
            <div class="gmail_quote">Hi Roland,<br>
              <br>
              Many thanks for the swift reply. I am sorry, it's
              confusing with all these instructions in the website and
              the INSTALL files...<br>
              <br>
              This time I did:<br>
              git clone git://<a moz-do-not-send="true"
                href="http://git.gromacs.org/gromacs.git"
                target="_blank">git.gromacs.org/gromacs.git</a>
              gromacs-4.6<br>
              cd gromacs-4.6<br>
              git checkout --track -b release-4-6 origin/release-4-6<br>
              cmake . -DGMX_OPENMM=ON -DGMX_THREADS=OFF<br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
        <div>if you want to get the new native gpu feature you need no
          special cmake flags so&nbsp;</div>
        <div>cmake .</div>
        <div>should work. But&nbsp;I got confused when claiming you should
          get release-4-6. Instead&nbsp;you need to get:</div>
        <div>git fetch <a moz-do-not-send="true"
            href="https://gerrit.gromacs.org/gromacs">https://gerrit.gromacs.org/gromacs</a>
          refs/changes/84/1284/14 &amp;&amp; git checkout FETCH_HEAD</div>
        <div>(for other download options see&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/1284/">https://gerrit.gromacs.org/#/c/1284/</a>)</div>
        <div>It will be in 4.6 but is not (quite) in it yet.</div>
        <div>As far as I know the OpenMM GPU option hasn't been updated
          for 4.6 and thus for OpenMM you could as well use the 4.5
          version.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I never had problems with in-source build. Mark, why do you
          say in-source build is not supported?</div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    It might work right now, but in-source builds ask for trouble,
    provide no significant benefits, and use CMake in a way its authors
    do not recommend (which may lead to compatibility issues in the
    future). See various parts of <a
      href="http://www.cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#Out-of-source_build_trees">http://www.cmake.org/Wiki/CMake_FAQ#Out-of-source_build_trees</a>.
    IMO, the burden on developers to make sure in-source builds can
    clean themselves up properly is too high (i.e. non-zero) to be worth
    considering supporting in-source builds. It's also more efficient to
    be able to have a single distribution with pre-configured
    subdirectories (e.g. "build_cmake_mpi", "build_cmake_debug",
    "build_cmake_tools") so that you can quickly work on a new feature
    or get access to debug versions, etc. without having to make a new
    copy of the repo/distro, deal with versioning of CMake output (or of
    the source between repos), etc. Much of this was true with
    autotools, also.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>