Hello!<div><br></div><div>I am thinking about hacking gromacs in the following way :  </div><div><br></div><div>I would like to have an angle potential that would turn on/off depending on the energy of a particular bond. </div>
<div><br></div><div>For example, I will have a lennard-jones-cosine potential for a bonded interaction. This will continuously go to &#39;0&#39; at a threshold. Then I will have an angle potential between these two atoms (and a third one). </div>
<div><br></div><div>For each calculation, I would like the angle potential to be multiplied by the instantaneous value of the bond potential, effectively turning it off if the bond is &#39;broken&#39;. </div><div><br></div>
<div>This is to represent a hydrogen bond in a coarse grained model.</div><div><br></div><div>I have intermediate C/C++ skills (that I haven&#39;t used in a while), but I am intimidated by the parallel nature of the code and am not familiar with the internals of gmx. I am willing to work on this full time for a week or so. </div>
<div><br></div><div>I would truly appreciate if someone could comment on the feasibility of this hack, and possibly show me where to begin. </div><div><br></div><div>Thank you</div><div><br></div><div>Murat</div>