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    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    -------- Original Message --------
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      <div class="moz-forward-container">
        <table class="moz-email-headers-table" border="0"
          cellpadding="0" cellspacing="0">
          <tbody>
            <tr>
              <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">Subject:

              </th>
              <td>Re: [gmx-users] Simulation of charged systems (2)</td>
            </tr>
            <tr>
              <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">Date:
              </th>
              <td>Tue, 6 Nov 2012 18:21:57 +0100</td>
            </tr>
            <tr>
              <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">From:
              </th>
              <td>Justin Lemkul <a moz-do-not-send="true"
                  class="moz-txt-link-rfc2396E"
                  href="mailto:jalemkul@vt.edu">&lt;jalemkul@vt.edu&gt;</a></td>
            </tr>
            <tr>
              <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">To: </th>
              <td>Luis Felipe Pineda de Castro <a
                  moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-rfc2396E"
                  href="mailto:luis.pinedadecastro@lnu.se">&lt;luis.pinedadecastro@lnu.se&gt;</a></td>
            </tr>
          </tbody>
        </table>
        <br>
        <br>
        <pre>(Replied off-list)

I think it would be more productive to post this to gmx-developers rather than 
gmx-users, since it really is an inquiry about the code itself.  The core 
developers usually don't reply to gmx-users, and they're the ones who will have 
the answers.  My inclination is that the answer to your question (now that it's 
more clear what you're asking) is "no," but since I have no direct knowledge of 
the PME code, I can't say for certain.

-Justin

On 11/6/12 3:27 AM, Felipe Pineda, PhD wrote:
&gt; Hi,
&gt;
&gt; thanks to Justin for the pointer to the list archive I searched before with "net
&gt; charge", but without getting useful results. For the sake of clarity, I am not
&gt; referring to the "neutralizing plasma" or neutralizing background charge used
&gt; implicitly with PME, but to an additional net-charge correction implemented for
&gt; example in CHARMM to avoid, at least partly, the artifacts produced by that
&gt; neutralizing background charge in net-charged systems, which are sometimes
&gt; unavoidable (s., eg., Bogusz S, Cheatham TE, Brooks BR. Removal of pressure and
&gt; free energy artifacts in charged periodic systems via net charge corrections to
&gt; the ewald potential. Journal of Chemical Physics. 1998;108(17):7070-84.
&gt; <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-rfc2396E" href="http://jcp.aip.org/jcpsa6/v108/i17/p7070_s1">&lt;http://jcp.aip.org/jcpsa6/v108/i17/p7070_s1&gt;</a>).
&gt;
&gt; Felipe
&gt;
&gt; On 11/05/2012 02:27 PM, Justin Lemkul wrote:
&gt;&gt;
&gt;&gt; On 11/5/12 8:16 AM, Felipe Pineda, PhD wrote:
&gt;&gt;&gt; Hi again!
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; many thanks to Xavier for his response, the only one I got so far ... I had the
&gt;&gt;&gt; same impression, but I'm seeking for theoretically/technically more funded
&gt;&gt;&gt; statements. My impression is also that there are different kind of "equations"
&gt;&gt;&gt; depending of the treatment of long-range electrostatic interactions.
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; My concrete question is now: are net charge corrections to the Ewald potential
&gt;&gt;&gt; implemented in Gromacs?
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt; <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-April/020821.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-April/020821.html</a>
&gt;&gt;
&gt;&gt; Searching the list archive for "neutralizing background charge" turns up a large
&gt;&gt; number of results.  This is a fairly common question, and there are many replies
&gt;&gt; with varying degrees of detail.
&gt;&gt;
&gt;&gt; -Justin
&gt;&gt;
&gt;

-- 
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Justin A. Lemkul, Ph.D.
Research Scientist
Department of Biochemistry
Virginia Tech
Blacksburg, VA
jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a>

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</pre>
        <br>
        <br>
      </div>
      <br>
      <br>
      <br>
    </div>
    <br>
  </body>
</html>