Dear GROMACS developers,<br><br>I am confused about the supporting features of GROMACS-GPU VERSION 5.0-dev-20121027-d2934a9-dirty regarding implicit solvent simulations. I have downloaded the benchmark set from <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions/GPUs#Benchmark_systems" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions/GPUs#Benchmark_systems</a> but cannot run the GPU/dhfr-impl-1nm.bench, GPU/dhfr-impl-2nm.bench and GPU/dhfr-impl-inf.bench cases. I.e. with the dhfr-impl-1nm.bench I get:<br>

<br>mdrun_intel_cuda5 -v -s topol.tpr -debug 1<br><br>NOTE: GPU(s) found, but the current simulation can not use GPUs<br>      To use a GPU, set the mdp option: cutoff-scheme = Verlet<br>      (for quick performance testing you can use the -testverlet option)<br>

<br><br>but -testverlet yields:<br><br>mdrun_intel_cuda5 -v -s topol.tpr -debug 1 -testverlet<br><br>Fatal error:<br>Can only convert old tpr files to the Verlet cut-off scheme with 3D pbc<br><br clear="all">Were these benchmarks made for the older versions of GROMACS-GPU that implemented OpenMM? Otherwise how can I run them as they are now?<br>
<br>thanks in advance,<br>Thomas <br>
<br><br><br><br>