<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>depending on the jobs scheduler you use, you can get get the slot number you got assigned for the shared node, so that your jobscript an set the correct pinoffset.</div><div><br></div>

<div>Roland</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 19, 2012 at 1:55 PM, Shirts, Michael (mrs5pt) <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mrs5pt@eservices.virginia.edu" target="_blank">mrs5pt@eservices.virginia.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">&gt; you can use -nopin but you will get slightly lower performance.<br>
<br>
</div>Ah, great!  I&#39;ll try this.  I didn&#39;t see this documented on the page --<br>
perhaps it should be added -- if, of course, I didn&#39;t just miss it.<br>
<div class="im"><br>
&gt; You can<br>
&gt; also use pinoffset and number the different gromacs instances you are<br>
&gt; running any way you wish. Most programs don&#39;t pin so it is unlikely that it<br>
&gt; going to conflict with other programs if you are running both Gromacs and<br>
&gt; other programs.<br>
<br>
</div>But that doesn&#39;t solve situations where I have four students plus myself all<br>
submitting Gromacs runs to the same cluster :)<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Best,<br>
~~~~~~~~~~~~<br>
Michael Shirts<br>
Assistant Professor<br>
Department of Chemical Engineering<br>
University of Virginia<br>
<a href="mailto:michael.shirts@virginia.edu">michael.shirts@virginia.edu</a><br>
<a href="tel:%28434%29-243-1821" value="+14342431821">(434)-243-1821</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>