<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">This is more a question for the user list.<div>&nbsp;</div><div>To learn about the algorithms, you can start reading the Shake and Lincs papers.<br><div><br></div><div>Gerrit</div><div><br><div><div>On Jan 9, 2013, at 12:43 PM, Maria Astón Serrano wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> Hello, <br><br>I am new at this and I am working with the constraints algorithms used in a MD simulation. <br>I would like to now how they work, what type of coordinates they use and also to identify<br>some variables. <br>

<br>For that, I am trying to do a simulation with a toy input system, like methane or ethane but I am <br>having some troubles: I started with a methane PDB file and <i>pdb2gmx</i> but I got errors, I tried with <br>a ethane simulation using the files: ethane.gro, ethane.mdp and ethane.top but I also got errors, ...<br>

<br>I know it is a very open-question but, could you help me? <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span class="hps">What</span> <span class="hps">would you recommend</span> <span class="hps">me</span><span class="">?<br>

Do you have a toy input system?<br><br>Thank you very much, <br><br>Maria<br><br></span></span>
-- <br>gmx-developers mailing list<br><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.</blockquote></div><br></div></div></body></html>