<html><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><META name="Author" content="Novell GroupWise WebAccess"></head><body style='font-family: Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13px; '>Hi Santhosh,<br><br>I do not know actually much about these so-called RDC restraints. At least nothing.<br><br>But I have an idea, how it could work.<br><br>Could one write a small subroutine, which you put into the loop of runner.c<br>and transform this RDC restraint into a set of distance restraints ? 3 well defined<br>disres might be enough.<br><br>If this was possible, than simply try to update the number of distance restraints,<br>with these new RDC transformed distance restraints.<br><br>You could try to connect this with the frequency of the neighbourlist update.<br><br>I have to note, that this is simply an idea and maybe someone else knows it<br>much better than me. <br><br>Thanks,<br><br>Emanuel <br><br>&gt;&gt;&gt; santhu kumar &lt;mesanthu@gmail.com&gt; 13.01.13 4.27 Uhr &gt;&gt;&gt;<br>Hello all,<br><div class="gmail_quote"><div><br></div><div>I am trying to reproduce an NMR refinement protocol detailed in EROS, "Recognition Dynamics Up to Microseconds Revealed from an RDC-Derived Ubiquitin Ensemble in Solution".&nbsp;</div> <div>The method talks about 2 types of ensemble restraints :</div><div>1). NOE restraints as distance restraints and the NOE violation is computed as a average value over 8 conformations which are simultaneously refined. (This could be achieved with -multi and distance restraint).</div> <div>2). RDC restraint : compute the RDC from the ensemble of 8 conformation and the experimental value. And add the restraint for the corresponding atomic pair. Or briefly a force addition to the atomic pair involved, eg : N and HN. &nbsp;</div> <div><br></div><div>NOE distance restraints are straight forward in Gromacs as the code itself has&nbsp;provisions&nbsp;for it. But the RDC's are a bit complex and I did not find a code/mail which implemented it. &nbsp;I would like to know your view about the way to proceed.&nbsp;</div> <div><br></div><div>1). Should I change the code itself? Write a custom code which would be called before every integration step and adds a force vector to the existing force vector? What would be ideal location for this code? Though I found a few mails regarding these, those seem to be very specific to the application. (I might be wrong too). Since -multi would be always be there as a running option, any pointers on how would that affect the implementation.&nbsp;</div> <div><br></div><div>2). Is there any way, I could write a tabulated force file in which I would provide only the force (Fx, Fy, Fz) for every atom, which could be directly added to the existing force vector. That way, I could write a script which would run the gromacs mdrun for one step and read the file to update the forces and repeat for certain number of steps. I am thinking of python wrappers of gromacs for the scripting. (This could slow down the system considerably but my simulations would not be too long, at this point this is not a concern).&nbsp;</div> <div><br></div><div>I looked a solution from the mailing list but could not find one.&nbsp;</div><div>Thanks</div><div>Santhosh</div> </div><br> </body></html>