<html><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><META name="Author" content="Novell GroupWise WebAccess"></head><body style='font-family: Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13px; '>I would try in the hdb entry&nbsp; <br><br>H12A C13 N C12 <br>H13B C13 N C14<br>H13C C13 N C15<br><br>or <br><br>H12A C13 C12 C14 <br>H13B C13 C12 C15<br>H13C C13 N C16<br><br>and then afterwards minimize.....<br><br>Others might know a better way. <br>This way was (for me) the easiest way.<br>After minimization I got a reasonable protonation.<br><br>Best and good luck,<br><br>Emanuel<br><br>&gt;&gt;&gt; Landry Charlier &lt;landry.charlier@univ-montp1.fr&gt; 02/01/13 12:51 AM &gt;&gt;&gt;<br><br>Hello,<br><br>I have some problems in order to automatically add hydrogen to lipids  <br>with charmm36 force field. Indeed, when several hydrogen have to be  <br>added to the same atom, the command pdb2gmx -ignh or g_protonate add  <br>them with the same name but with the last number incremented by 1  <br>thanks to the .hdb file.<br><br>Example :  for charmm36, the hydrogens added to the CB atom of ARG are  <br>named HB1 &amp; HB2 thanks to the line "2  6  HB  CB  CG  CA" in the  <br>aminoacids.hdb file.<br><br>For lipids, the hydrogen names differ by a letter. H13A, H13B H13C are  <br>linked to C13 in POPC in charmm36 for example.<br><br>I would like to modify g_protonate or pdb2gmx in order to add hydrogen  <br>with a specific name like that:<br>- If only 1 name is written in hdb file and several atoms have to be  <br>added, the hydrogen names have been incremented by 1 as it's by  <br>default (see the example of Arg above).<br>- If there are as many names as the number of hydrogen to add, pdb2gmx  <br>and/or g_protonate will choose these names. The hdb file should be  <br>like this : 3       4       H13A,H13B,H13C    C13     N       C12<br><br>But I check the g_protonate and pdb2gmx files in the source code and I  <br>am not enough good in programming for modify them.<br><br>Could you help me please?<br><br>Landraille<br><br><br>-- <br>gmx-developers mailing list<br>gmx-developers@gromacs.org<br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.<br><br></body></html>