<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 4, 2013 at 4:00 AM, Alexey Shvetsov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:alexxy@omrb.pnpi.spb.ru" target="_blank">alexxy@omrb.pnpi.spb.ru</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi all!<br>
<br>
Well, new trajectory analisys api looks good, but it has some caveates.<br>
1. Its incompatible with most functions in old gmxlib (e.g. Cannot use<br>
functions like reset_x, do_fit, calc_xcm etc.).<br></blockquote><div style>You can convert sel to atom_id by:</div><div style>sel_[i].atomIndices().data()<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


2. It may be easyer to work with atomdata if selections will not be marked<br>
static. E.g. sel.position(i).x()<br></blockquote><div style>I suppose you mean const? I think it makes sense that they are const. I think you should make a copy of them before modifying them.  </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


<br>
For #1 may be its time to reimplement needed functions using new api.<br></blockquote><div style>Any help with that is greatly appreciated :-)</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


Is there a way to mark output or input files non optional with predefined value<br>
like it was possible with old api?<br></blockquote><div style>See defaultBasename and required</div><div><br></div><div>Roland</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">


<span class=""><font color="#888888">--<br>
Best Regards,<br>
Alexey &#39;Alexxy&#39; Shvetsov<br>
Petersburg Nuclear Physics Institute, NRC Kurchatov Institute,<br>
Gatchina, Russia<br>
Department of Molecular and Radiation Biophysics<br>
Gentoo Team Ru<br>
Gentoo Linux Dev<br>
mailto:<a href="mailto:alexxyum@gmail.com">alexxyum@gmail.com</a><br>
mailto:<a href="mailto:alexxy@gentoo.org">alexxy@gentoo.org</a><br>
mailto:<a href="mailto:alexxy@omrb.pnpi.spb.ru">alexxy@omrb.pnpi.spb.ru</a></font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>

865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309
</div></div>