<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 18, 2013 at 8:39 PM, Christoph Junghans <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:junghans@votca.org" target="_blank">junghans@votca.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
2013/2/18 Berk Hess &lt;<a href="mailto:hess@kth.se">hess@kth.se</a>&gt;:<br>
<div class="im">&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt; I fully agree.<br>
&gt; Since OpenMM is not fully supported 6.1.12 should be removed from the<br>
&gt; manual.<br>
</div>Apropos OpenMM, currently there are some directory offsets wrong in<br>
the build system, which make it practically impossible to enable the<br>
OpenMM support:<br>
&lt;<a href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/2087/" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#/c/2087/</a>&gt;<br>
A fix should go into 4.6.1. The above change set is not complete yet<br>
as some CMAKE_CXX variables are missing.<br></blockquote><div><br></div><div>I looked at that patch last week, and it seemed to me like there was not much consensus about what solution was appropriate. I thought we&#39;d probably not reach an acceptable solution in time for 4.6.1. Thus it&#39;s not in the list of commits I plan for 4.6.1. The choice of commits and timing for a release is normally pretty arbitrary, but there has to be one or we never deliver anything!</div>
<div><br></div><div>If fixing OpenMM to build and/or work from src/contrib is important to someone, then they&#39;re welcome to spend some time on it. Frankly, there&#39;s not much of value in 4.6 that will also benefit someone who needs an OpenMM-capable mdrun. If I needed the latter, I&#39;d be installing a 4.5.x version of GROMACS for OpenMM and hoping for the best!</div>
<div><br></div><div>I&#39;d be perfectly happy removing it entirely from the repo. One of the joys of version control is that it is easy to revert the deletion patch.</div><div><br></div><div>Mark</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br>
Cheers,<br>
<br>
Christoph<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
&gt; Are there any other issues with the manual you know of?<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt;<br>
&gt; Berk<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On 02/18/2013 02:18 PM, Justin Lemkul wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi All,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I&#39;m assuming fixes to the manual are being considered separately then?  To<br>
&gt;&gt; me, we really shouldn&#39;t release 4.6.1 unless we have a corresponding manual<br>
&gt;&gt; out at least within 24 hr of the code being made public.  In my mind,<br>
&gt;&gt; released code necessitates a definitive manual, and there have been<br>
&gt;&gt; questions on the user list related to the manual.  There are still some<br>
&gt;&gt; glaring inaccuracies and outdated information, mostly in section 6.12<br>
&gt;&gt; related to GPU usage (basically it needs to be scrapped, since OpenMM isn&#39;t<br>
&gt;&gt; even fully supported any more) and Appendix A. My patch related to<br>
&gt;&gt; environment variables (<a href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/2055/" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#/c/2055/</a>) is basically<br>
&gt;&gt; done since Szilard finished off the last few items, but hasn&#39;t even been<br>
&gt;&gt; reviewed.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; -Justin<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 2/18/13 8:07 AM, Mark Abraham wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Hi GROMACS developers,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; There&#39;s a release branch constructed, containing a number of minor fixes,<br>
&gt;&gt;&gt; documentation updates and a few remaining fixes of critical issues. Below<br>
&gt;&gt;&gt; is a<br>
&gt;&gt;&gt; list of commits that are ancestors of the 4.6.1 release patch - please<br>
&gt;&gt;&gt; review<br>
&gt;&gt;&gt; things that you know about!<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I60998e3b,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I60998e3b,n,z</a> New patch release 4.6.1<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I9a551260,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I9a551260,n,z</a> Update outdated admin things<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,Iba5b4c66,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,Iba5b4c66,n,z</a> Fixes for install guide page.<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,Ia0a571d2,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,Ia0a571d2,n,z</a> Updated install guide<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I33495d57,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I33495d57,n,z</a> Uncrustified code changes<br>
&gt;&gt;&gt; since 4.6<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,If96fd044,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,If96fd044,n,z</a> Bump shared object version to<br>
&gt;&gt;&gt; 8<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I79a06b20,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I79a06b20,n,z</a> fixed issues with FEP<br>
&gt;&gt;&gt; soft-core and<br>
&gt;&gt;&gt; cut-off&#39;s<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,Ib90ac4e5,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,Ib90ac4e5,n,z</a> Merge release-4-5-patches<br>
&gt;&gt;&gt; into<br>
&gt;&gt;&gt; release-4-6<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I146592c3,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I146592c3,n,z</a> fixed GPU particle gridding<br>
&gt;&gt;&gt; performance issue<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I268bbf65,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I268bbf65,n,z</a> Made g_tune_pme work with 4.6<br>
&gt;&gt;&gt; if<br>
&gt;&gt;&gt; user sets &quot;-p&quot; command line option<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I79fd46e1,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I79fd46e1,n,z</a> Fix CMake namespace pollution<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,I3c37844c,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,I3c37844c,n,z</a> Issue errors/warnings for ICC<br>
&gt;&gt;&gt; before<br>
&gt;&gt;&gt; 12.0.0<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,Ia6157db8,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,Ia6157db8,n,z</a> bugfix for md-vv +<br>
&gt;&gt;&gt; nose-hoover +<br>
&gt;&gt;&gt; (nstcalcenergy &gt; nsttcouple)<br>
&gt;&gt;&gt; <a href="https://gerrit.gromacs.org/#q,Ia071c6a1,n,z" target="_blank">https://gerrit.gromacs.org/#q,Ia071c6a1,n,z</a> Use explicit kernel pointer<br>
&gt;&gt;&gt; typecasts<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; Mark<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt; On Tue, Feb 12, 2013 at 9:15 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com">mark.j.abraham@gmail.com</a><br>
&gt;&gt;&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;     Hi GROMACS developers,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;     We&#39;ve made a number of bug fixes to 4.6, and it&#39;s time we got those<br>
&gt;&gt;&gt; out to<br>
&gt;&gt;&gt;     the world in 4.6.1. There&#39;s a few bits and pieces still sitting in<br>
&gt;&gt;&gt; gerrit,<br>
&gt;&gt;&gt;     so please see what you can get done. I&#39;ll plan to construct a release<br>
&gt;&gt;&gt; branch<br>
&gt;&gt;&gt;     on Friday and release Monday Feb 17.<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;     Cheers,<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;     Mark<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface<br>
&gt; or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div>--<br>
Christoph Junghans<br>
Web: <a href="http://www.compphys.de" target="_blank">http://www.compphys.de</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br>