<div dir="ltr">Hi,<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 5, 2013 at 5:23 PM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">how can I get doxygen to pick up comments on methods, classes, namespaces etc.? Is it sufficient to have the proper comments in random files for doxygen to pick it up? Or do I need to add filenames/directory names to some input script?<br>
</blockquote><div><br></div><div style>Assuming you are on the master branch (or somewhere derived from it), you don&#39;t need to do anything special for Doxygen to consider your file. Everything under src/ is recursively included. Some files/directories are excluded (the list is in doxygen/Doxyfile-common.cmakein), but that should not normally affect you. If your comments don&#39;t seem to appear in the output, then there may be issues with the enclosing scope (file/namespace/class) not being properly documented. This is mentioned at <a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/Doxygen">http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/Doxygen</a>, along with a lot of other stuff related to Doxygen, but I don&#39;t know all the rules without more thorough testing.</div>
<div style><br></div><div style>Teemu</div></div></div></div>