Hello,<br><br>We encountered a problem with the verlet cutoff scheme in GROMACS 4.6.1. A simulation that works fine with the group scheme will crash with &quot;Segmentation fault: 11&quot; error using the verlet method. GDB shows that it happens in pme.c: 415 idxptr[ZZ] = pme-&gt;nnz[tiz], but we are not sure how to proceed from here.<br>

<br>It is possible that our simulation is blowing up, as we can see the non-bonded energy becomes absurd in the very first step after switching to verlet scheme. However, we don&#39;t see how it is possible that the same simulation would work with the group scheme. The group scheme gives correct energies, and can run to the end without any problem.<br>

<br>To further diagnose the problem, we are wondering how we can let GROMACS output the neighbor list. We would also greatly appreciate any suggestion to resolve the problem.<br><br>Thank you very much,<br>Bu<br>