<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>No. I had an fftw build from before that I reused and instructed gromacs to use.</div><div><br></div><div>Erik</div><div><br><div><div>On 5 Apr 2013, at 13:08, Rossen Apostolov &lt;<a href="mailto:rossen@kth.se">rossen@kth.se</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Erik,<br>
    <br>
    Are you compiling fftw with the build, i.e. using
    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW ?<br>
    <br>
    Cheers,<br>
    Rossen<br>
    &nbsp;<br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 4/5/13 11:55 AM, Erik Marklund
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:2035431C-FAE9-4425-B691-5B0BB605755A@xray.bmc.uu.se" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Hi,
      <div><br>
      </div>
      <div>Building gromacs 4.6.1 failed whenever I issued parallel
        make, i.e. make -j. I reported this to the cluster admins since
        I had never seen such behaviour before from gromacs' side, and
        here's their reply. I can't tell whether gromacs is at fault or
        the cluster.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Erik<br>
        <div><br>
          <div>Begin forwarded message:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite"><span style="font-family: Helvetica;
              font-size: medium; font-style: normal; font-variant:
              normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
              line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto;
              text-indent: 0px; text-transform: none; white-space:
              normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
              -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width:
              0px; display: inline !important; float: none; ">&nbsp;Hi,</span><br style="font-family: Helvetica; font-size: medium;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
            <br style="font-family: Helvetica; font-size: medium;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
            <blockquote type="cite" style="font-family: Helvetica;
              font-size: medium; font-style: normal; font-variant:
              normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
              line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto;
              text-indent: 0px; text-transform: none; white-space:
              normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
              -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width:
              0px; ">I was compiling gromacs on tintin's login node the
              other day and it<br>
              &nbsp;&nbsp;seems that parallel make, i.e. make -j, doesn't work on
              tintin. I<br>
              &nbsp;&nbsp;got linker errors that never showed up when make was run
              serially.<br>
              &nbsp;&nbsp;I've never encountered such behaviour before.<br>
            </blockquote>
            <br style="font-family: Helvetica; font-size: medium;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
            <span style="font-family: Helvetica; font-size: medium;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; display: inline
              !important; float: none; ">Without any more information
              (or being able to look for actual files right now), I'd
              guess this is a problem with the makefiles rather than the
              actual make. It seems somewhat unexpected that CMake would
              create makefiles that aren't safe for parallel building,
              but it does seem the most likely culprit (assuming it
              doesn't let developers add rules directly to the makefile
              to work around problems, I don't remember if that's
              possible).</span><br style="font-family: Helvetica;
              font-size: medium; font-style: normal; font-variant:
              normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
              line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto;
              text-indent: 0px; text-transform: none; white-space:
              normal; widows: 2; word-spacing: 0px;
              -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width:
              0px; ">
            <br style="font-family: Helvetica; font-size: medium;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
            <span style="font-family: Helvetica; font-size: medium;
              font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
              normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
              orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
              text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
              word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto;
              -webkit-text-stroke-width: 0px; display: inline
              !important; float: none; ">That you only see the problem
              on tintin can likely be explained by timing or other non
              deterministic factors.</span></blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

-- <br>gmx-developers mailing list<br><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.</blockquote></div><br></div></body></html>