<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 17, 2013 at 6:16 PM, Manuel Nuno Melo <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:m.n.melo@rug.nl" target="_blank">m.n.melo@rug.nl</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<br><br>I have also had linking problems when making in parallel. In my case they could be traced back to the option to let GMX download/build its own fftw (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON).<br>
<br>It seems that only one of make&#39;s threads starts building fftw, while the others go ahead building/linking GMX. Since fftw compilation is not ready by the time it is needed, GMX linking is botched.<br></div></blockquote>
<div><br></div><div style>Yes, Rossen first showed this to me. I don&#39;t know if the underlying issue is that the dependency cannot be described properly, or that we&#39;re not doing it properly. If it&#39;s a problem, people are welcome to contribute a fix! :-)</div>
<div style><br></div><div style>Mark</div><div>š</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">

<br>Cheers,<br>Manel<br><br>&gt; Hi,<br>&gt;<br>&gt; I too suspect filesystem issues or clock skews. I think I tested make -j and make -j 12. The cluster is currently down for maintenance, so I can&#39;t inspect the details at the moment.<br>


&gt;<br>&gt; On 5 Apr 2013, at 13:14, Alexey Shvetsov &lt;alexxy at <a href="http://omrb.pnpi.spb.ru" target="_blank">omrb.pnpi.spb.ru</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; &gt; Hi Erik<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; What are underlaying filesystem on this cluster? If it slow or overloaded<br>


&gt; &gt; somehow it may lead to parallel make issues. Also it may be related to make<br>&gt; &gt; version (some old versions may expose such behavior). How many make threads do<br>&gt; &gt; you issued? I tryed with make -j64 and it builds fine with recent cmake<br>


&gt; &gt; (2.8.10) and make (3.82) utility.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ÷ ÐÉÓØÍÅ ÏÔ 5 ÁÐÒÅÌÑ 2013 11:55:27 ÐÏÌØÚÏ×ÁÔÅÌØ Erik Marklund ÎÁÐÉÓÁÌ:<br>&gt; &gt;&gt; Hi,<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Building gromacs 4.6.1 failed whenever I issued parallel make, i.e. make -j.<br>


&gt; &gt;&gt; I reported this to the cluster admins since I had never seen such behaviour<br>&gt; &gt;&gt; before from gromacs&#39; side, and here&#39;s their reply. I can&#39;t tell whether<br>&gt; &gt;&gt; gromacs is at fault or the cluster.<br>


&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Erik<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Begin forwarded message:<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Hi,<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I was compiling gromacs on tintin&#39;s login node the other day and it<br>


&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; šseems that parallel make, i.e. make -j, doesn&#39;t work on tintin. I<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; šgot linker errors that never showed up when make was run serially.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; šI&#39;ve never encountered such behaviour before.<br>


&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Without any more information (or being able to look for actual files right<br>&gt; &gt;&gt;&gt; now), I&#39;d guess this is a problem with the makefiles rather than the<br>&gt; &gt;&gt;&gt; actual make. It seems somewhat unexpected that CMake would create<br>


&gt; &gt;&gt;&gt; makefiles that aren&#39;t safe for parallel building, but it does seem the<br>&gt; &gt;&gt;&gt; most likely culprit (assuming it doesn&#39;t let developers add rules<br>&gt; &gt;&gt;&gt; directly to the makefile to work around problems, I don&#39;t remember if<br>


&gt; &gt;&gt;&gt; that&#39;s possible).<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; That you only see the problem on tintin can likely be explained by timing<br>&gt; &gt;&gt;&gt; or other non deterministic factors.<br>&gt; &gt; --<br>


&gt; &gt; Best Regards,<br>&gt; &gt; Alexey &#39;Alexxy&#39; Shvetsov<br></div>
<br>--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br></div></div>