Hi, Terry<br><br>Thanks for your suggestion.&nbsp; I will check the installation of MKL.<br>But, it works quite well when I calculate the DoS of a whole simulation system.<br><br>Wade<br><br>Message: 2<br>Date: Wed, 24 Jul 2013 17:28:33 +0800<br>From: Terry &lt;terrencesun@gmail.com&gt;<br>Subject: Re: [gmx-developers] In g_dos, the -n option could not work?<br>To: Discussion list for GROMACS development<br>        &lt;gmx-developers@gromacs.org&gt;<br>Message-ID:<br>        &lt;CAM9kr8hQiuQ9j8cvEwgppuh3OXj6E_8gfYcREk5mN2BnT-ebsQ@mail.gmail.com&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Hi, Wade,<br><br>The error message is very clear. Your GROMACS installation has a problem<br>linking with intel MKL. Try to contact your administrator.<br><br>Terry<br><br><br>On Wed, Jul 24, 2013 at 4:57 PM, Ö´Äî &lt;wadelv@foxmail.com&gt; wrote:<br><br>&gt; Dear All,<br>&gt; I found that the -n option could not work in program g_dos.<br>&gt; My command is like this :<br>&gt; g_dos -f x.trr -s x.tpr -n x.ndx<br>&gt;<br>&gt; No matter what were contained in the index file, the output results were<br>&gt; all the same.<br>&gt;<br>&gt; And, I also have tried to calculate the DoS of the molecule individually<br>&gt; from a gas-phase simulation trajectory.<br>&gt; But there are some errors:<br>&gt; -------<br>&gt; Program g_dos, VERSION 4.5.5<br>&gt; Source code file: gmx_fft_mkl.c, line: 218<br>&gt;<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Error initializing Intel MKL FFT; status=2<br>&gt; --------<br>&gt;<br>&gt; Could anyone help me?<br>&gt; Any suggestion is welcome!<br>&gt; Thank you in advance!<br>&gt;<br>&gt; Wade<br>&gt; --<br>&gt; gmx-developers mailing list<br>&gt; gmx-developers@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.<br>&gt;<br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/attachments/20130724/c29decb1/attachment-0001.html<br><br>------------------------------<br><br>-- <br>gmx-developers mailing list<br>gmx-developers@gromacs.org<br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br><br><br>End of gmx-developers Digest, Vol 111, Issue 9<br>**********************************************<br>.<br>