<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div></div>Hi Gromacs Developers,<br><br>We have worked in a framework that uses Evolutionary Algorithms (EA) with GROMACS. This frameword is called ProtPred-Gromacs (2PG) [1].<br><br>
In general lines, GROMACS is used to compute the objetives of individual (protein conformation). Potential, Van der Waals, Electrostatic, GBSA Solvatation, Hydrophobic, Hydrophilic, Gyrate and Hydrogen Bonds are examples of objetives.<br>
<br>Nowadays, those objetives are computed by scripts that calls the respective GROMACS program for each objective.  I call a system command and load the GROMACS program output into my structure.<br><br>I would like to know a way that is possible to remove those scripts. I have read about C++ transition at GROMACS page [2]. However, I could not understand how I can use it in my project.<br>
<br>Therefore, I would like to ask some examples, tips or any other comments about a way to remove the scripts and I get the objetives with more performance.<br></div></div></div></div></div><div><div><div><div><div><div>
<div><br>[1] <a href="http://lcrserver.icmc.usp.br/projects/2pg">http://lcrserver.icmc.usp.br/projects/2pg</a><br>[2] <a href="http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/C%2b%2b_Transition">http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/C%2b%2b_Transition</a><br>
<br></div><div>Best regards,<br><br clear="all">--<br>Rodrigo Antonio Faccioli, Ph.D<br>Intelligent System in Structural Bioinformatics <br>University of Sao Paulo - USP<br>Barao de Maua University<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5</a><br>Personal Blogg - <a href="http://rodrigofaccioli.blogspot.com/" target="_blank">http://rodrigofaccioli.blogspot.com/</a><a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank"></a></div>
<div><div><div><br>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>