<div dir="ltr">Generically, the best way to contribute to a Git-hosted project is to:<div>1) git clone &lt;the repo&gt;</div><div>2) make some changes</div><div>3) run all the regression tests to make sure you haven&#39;t broken something</div>

<div>4) git commit -a # write a helpful commit message - see stackoverflow, etc. for style guides</div><div>5) git format-patch origin</div><div>6) send patch files to the appropriate person/list or attach to ticket if it&#39;s fixing something</div>

<div><br></div><div>So far, this has worked great for my trivial contributions to Gromacs.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jeff</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">

On Fri, Aug 23, 2013 at 9:41 AM, Rodrigo Faccioli <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rodrigo_faccioli@uol.com.br" target="_blank">rodrigo_faccioli@uol.com.br</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div dir="ltr"><div><div><div></div></div></div>Hi Mark,<br><br>Thanks your answer.<br><br>We are glad to contribute with Gromacs. We would like to try to do it.<br><br>What do you suggest for us about rules to contribute with Gromacs?<br>


<br>I have read in Developers zone at Gromacs site about Gerrit and Git. It is the best way?<br><br>Best regards,<br><br><div><div><div><div><br></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div>


--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>Intelligent System in Structure Bioinformatics<br>


<a href="http://laips.sel.eesc.usp.br" target="_blank">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>


Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5</a></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 21, 2013 at 5:04 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


Hi,<br>
<br>
Thanks for your interest. Unfortunately, there&#39;s never really been a<br>
callable API for GROMACS. The core team has always prioritized higher<br>
performance and new features over facilitating third-party code re-use<br>
- manpower resources are limiting. There&#39;s hope we can improve this in<br>
the future during the C++ transition... e.g.<br>
<a href="http://redmine.gromacs.org/issues/988" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/issues/988</a>,<br>
<a href="http://redmine.gromacs.org/issues/1140" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/issues/1140</a>.<br>
<br>
In particular, <a href="http://redmine.gromacs.org/issues/1170" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/issues/1170</a> suggests being<br>
able to remove the &quot;middle man&quot; of writing a .tpr file. It sounds like<br>
your use case would be streamlined a lot if it were possible to pass<br>
&quot;grompp&quot; whatever inputs are easily constructed by your code, and the<br>
output of &quot;grompp&quot; are data structures ready for &quot;mdrun.&quot; mdrun in 5.0<br>
might support this already, which would be useful for you, but not yet<br>
ideal.<br>
<br>
If you&#39;d like to contribute, that would be fantastic. A sketch in<br>
<a href="http://redmine.gromacs.org/issues/1140" target="_blank">http://redmine.gromacs.org/issues/1140</a> of a series of hypothetical<br>
function calls you&#39;d like to make in order to execute your workflow<br>
would be a great start. Having an external need described should help<br>
us prioritise what we can do.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Mark<br>
<div><div><br>
On Tue, Aug 20, 2013 at 9:04 PM, Rodrigo Faccioli<br>
&lt;<a href="mailto:rodrigo_faccioli@uol.com.br" target="_blank">rodrigo_faccioli@uol.com.br</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi Gromacs Developers,<br>
&gt;<br>
&gt; We have worked in a framework that uses Evolutionary Algorithms (EA) with<br>
&gt; GROMACS. This frameword is called ProtPred-Gromacs (2PG) [1].<br>
&gt;<br>
&gt; In general lines, GROMACS is used to compute the objetives of individual<br>
&gt; (protein conformation). Potential, Van der Waals, Electrostatic, GBSA<br>
&gt; Solvatation, Hydrophobic, Hydrophilic, Gyrate and Hydrogen Bonds are<br>
&gt; examples of objetives.<br>
&gt;<br>
&gt; Nowadays, those objetives are computed by scripts that calls the respective<br>
&gt; GROMACS program for each objective.  I call a system command and load the<br>
&gt; GROMACS program output into my structure.<br>
&gt;<br>
&gt; I would like to know a way that is possible to remove those scripts. I have<br>
&gt; read about C++ transition at GROMACS page [2]. However, I could not<br>
&gt; understand how I can use it in my project.<br>
&gt;<br>
&gt; Therefore, I would like to ask some examples, tips or any other comments<br>
&gt; about a way to remove the scripts and I get the objetives with more<br>
&gt; performance.<br>
&gt;<br>
&gt; [1] <a href="http://lcrserver.icmc.usp.br/projects/2pg" target="_blank">http://lcrserver.icmc.usp.br/projects/2pg</a><br>
&gt; [2] <a href="http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/C%2b%2b_Transition" target="_blank">http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/C%2b%2b_Transition</a><br>
&gt;<br>
&gt; Best regards,<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Rodrigo Antonio Faccioli, Ph.D<br>
&gt; Intelligent System in Structural Bioinformatics<br>
&gt; University of Sao Paulo - USP<br>
&gt; Barao de Maua University<br>
&gt; Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
&gt; Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5</a><br>
&gt; Personal Blogg - <a href="http://rodrigofaccioli.blogspot.com/" target="_blank">http://rodrigofaccioli.blogspot.com/</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div><span><font color="#888888">&gt; --<br>
&gt; gmx-developers mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</font></span></font></span></blockquote></div><br></div>
<br>--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Jeff Hammond<br><a href="mailto:jeff.science@gmail.com" target="_blank">jeff.science@gmail.com</a>
</div>