<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Devs,<br><br></div>I wanted to get a sense how many people are interested in getting the implicit solvent and free energy codes playing nice together, and how likely it is to happen.<br>
<br></div>We&#39;re very interested in this, as we do a lot of work related to free energy methodology. This means in general we are more interested in whether something works (and how well it works) given the force field parameters than we are in having the solvent model right. In general, implicit solvent will run a lot faster, so we could do a lot of our work much more quickly if the free energy code would work well with implicit solvent (such as generalized Born, etc.). We&#39;ve also seen enough work on implicit solvent free energy calculations elsewhere (and done some ourself in AMBER) to be optimistic about the accuracies we could achieve for a number of the problems we&#39;re interested in.<br>
<br>In any case:<br></div>- Are other people similarly interested in this?<br></div>- Are there any efforts underway to get the GB code to work properly with free energy?<br></div>- What are the problems/obstacles? <br><br>
Thanks!<br>David<br><br clear="all"><div><div><div><div><div><div><br>-- <br>David Mobley<br><a href="mailto:dmobley@gmail.com" target="_blank">dmobley@gmail.com</a><br>949-385-2436<br>
</div></div></div></div></div></div></div>