<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF">
<div><span class="Apple-style-span" style="-webkit-tap-highlight-color: rgba(26, 26, 26, 0.296875); -webkit-composition-fill-color: rgba(175, 192, 227, 0.230469); -webkit-composition-frame-color: rgba(77, 128, 180, 0.230469); ">Op 30 aug. 2013 om 08:49 heeft
 &quot;Asaf Farhi&quot; &lt;<a href="mailto:asaf.farhi@weizmann.ac.il">asaf.farhi@weizmann.ac.il</a>&gt; het volgende geschreven:</span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div></div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear GROMACS Developers
<div><br>
</div>
<div><span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">My name is Asaf.</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">I'm trying to implement a novel free energy calculation method and interested to do a very minor code change.</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">I will really appreciate help on this issue.</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">What I'm trying to implement in GROMACS is very simple. It's actually only one if statement that is relevant to the VDW and Electric energies and forces.</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">What is needed is to add for every calculation of energy and force:</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">If (E_VDW&gt;Ec)</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">{</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">E_VDW=Ec;</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">f_VDW=0;</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">}</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">If (E_EL&gt;Ec)</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">{</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">E_el=Ec;</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">f_el=0;</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">}</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">where E_VDW is the energy associated with the pair VDW interaction, f_VDW is the force associated with the pair VDW potential and Ec is a constant.</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">In addition I need to multiply specific VDW and electrical forces by a const (that are associated with certain atoms).</span></div>
<div><br>
</div>
<div>Could anyone advise me how to do this code change?<br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>If I understand what you want to do, i.e. a fixed upper limit to the energies, than you could do that easily, without touching the code, bu using interaction tables. You will find how in the manual.</div>
<div><br>
</div>
<div>What you haven't explained is what you want to achieve.&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>The setup you describe will give an unphysical discontinuity in the forces, which will give rise to some strange artifacts in your simulations for sure. I expect these may be similar, in type and severity, to those associated with the simple interaction
 cut-off schemes. Using that as a basis for '<span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: 16px; -webkit-tap-highlight-color: rgba(26, 26, 26, 0.292969); -webkit-composition-fill-color: rgba(175, 192, 227, 0.230469); -webkit-composition-frame-color: rgba(77, 128, 180, 0.230469); ">a
 novel free energy calculation method'</span><span class="Apple-style-span" style="-webkit-tap-highlight-color: rgba(26, 26, 26, 0.296875); -webkit-composition-fill-color: rgba(175, 192, 227, 0.230469); -webkit-composition-frame-color: rgba(77, 128, 180, 0.230469); ">&nbsp;seems
 rather unlikely to produce valid results.</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="-webkit-tap-highlight-color: rgba(26, 26, 26, 0.296875); -webkit-composition-fill-color: rgba(175, 192, 227, 0.230469); -webkit-composition-frame-color: rgba(77, 128, 180, 0.230469); "><br>
</span></div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">Thanks in advance,</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">Best regards,</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
<span style="font-family: monospace; font-size: 16px;">Asaf</span><br style="font-family: monospace; font-size: 16px;">
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>-- </span><br>
<span>gmx-developers mailing list</span><br>
<span><a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a></span><br>
<span><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a></span><br>
<span>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the </span><br>
<span>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">
gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</span></div>
</blockquote>
</body>
</html>