<div dir="ltr">Hey guys,<div>I am trying to introduce a small hack that will  turn off dihedrals if the middle bond is longer than a threshold. </div><div><br></div><div>It should be as simple as</div><div><br></div><div>midDist= iprod(r_jk,r_jk)</div>
<div>midDist *= gmx_insqrt(midDist)</div><div><br></div><div>if ( midDist &gt; threshold)  {don&#39;t even bother calculating anything for this dihedral}</div><div>else {continue as usual} </div><div><br></div><div>But there are so many functions in bondfree.c. I need to locate that is responsible for regular, periodical dihedrals (type 1). Which one is this? My suspects are.. </div>
<div><br></div><div>dopdihs, dopdihs_XXXX (noener etc.) , pdihs, pdihs_XXXX (noener etc.)</div><div><br></div><div>Is there any documentation I can look at to figure our what these do? There are not many comments within the code. </div>
<div><br></div><div>I appreciate the input. This is all for a fancy coarse grained system. </div><div><br></div><div>Murat</div></div>