<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1253">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>
<div>Thanks for your reply,</div>
<div><br>
</div>
<div>It's hard to make any sense of the formatting of your equations</div>
<div><br>
</div>
</div>
<blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;">
<div>
<div>it's the standard morse equation used in many&nbsp;<a href="http://lammps.sandia.gov/doc/pair_morse.html">references</a>. the buckingham and Lennard jones have a very high degree of deviation and using them makes no sense for my application.</div>
</div>
<div>
<div>I'm defining potentials using ab-initio calculations and at high levels of theory and large basis sets and I need a good potential function.</div>
<div><br>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">and you haven't said what over what quantity your A varies or what r and r* are</div>
</blockquote>
<div>
<div><br>
</div>
</div>
<blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;">
<div>r* is a parameter calculated using fitting, r is the radius, A and should be defined as coefficients of g® and h®, and since I dunno how to define and exponential term I can not define them. This is the problem.</div>
</blockquote>
<div><br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
</div>
<div>It's hard to make any sense of the formatting of your equations, and you haven't said what over what quantity your A varies or what r and r* are... Do check out manual sections 4.2.13 and 6.9.</div>
<div><br>
</div>
<div>Mark</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Oct 15, 2013 at 10:02 PM, Reza Ghafarian Shirazi
<span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rezagh@student.uef.fi" target="_blank">rezagh@student.uef.fi</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; ">
<div style="word-wrap:break-word">Dear all,
<div><br>
</div>
<div>I'm trying to define modified morse potential in Gromacs to be used as a forcefield using tabulated potentials.</div>
<div><br>
</div>
<div>My potential's functional form is as:&nbsp;<span style="background-color:rgb(249,249,249);font-family:sans-serif;line-height:19px">å Exp[-2A(r-r*)] -2&nbsp;</span><span style="background-color:rgb(249,249,249);font-family:sans-serif;line-height:19px">å Exp[-A(r-r*)]</span></div>
<div><span style="background-color:rgb(249,249,249);font-family:sans-serif;line-height:19px"><br>
</span></div>
<div><span style="background-color:rgb(249,249,249)"><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">So I have to define g®&nbsp;=&nbsp;</span></font></span><span style="background-color:rgb(249,249,249);font-family:sans-serif;line-height:19px">å Exp[</span><span style="background-color:rgb(249,249,249)"><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">-2A(r-r*)]
 &nbsp;and h®=</span></font></span><span style="background-color:rgb(249,249,249);font-family:sans-serif;line-height:19px">-2&nbsp;</span><span style="background-color:rgb(249,249,249)"><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">å Exp[-A(r-r*)]. They have
 to be defined as values&nbsp;in a&nbsp;xvg&nbsp;table where the table is filled with values of r, f®, f'®, g®,….</span></font></span></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">My question is how can I make vales of these&nbsp;functions, while there's a variable in the exponential term.&nbsp;</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">I saw in the manual on the&nbsp;</span></font><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tabulated_Potentials#Constructing_the_Table(s)" target="_blank">website</a><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">&nbsp;noting
 that h®&nbsp;for buckingham is expressed as h®=AExp[-Br] so I was wondering how they make the table of h®&nbsp;values while B is a variable.</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px"><br>
</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">Solutions which cam&nbsp;ego&nbsp;my mind were:</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">Should we use some&nbsp;</span></font><span style="font-family:sans-serif;line-height:19px">mathematical approximations like Exp[-u]=1-u.</span></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">or simply tabulated potentials does not support potentials more complex than lennard jones, and Buckingham is an integrated feature which doesn't need the&nbsp;xvv&nbsp;table.</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">Any&nbsp;suggestions&nbsp;will be appreciated</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px"><br>
</span></font></div>
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">regards</span></font></div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div><font face="sans-serif"><span style="line-height:19px">Reza&nbsp;</span></font></div>
</font></span></div>
<br>
--<br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers</a><br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
-- <br>
gmx-developers mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers@gromacs.org</a><br>
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-developers<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
www interface or send it to gmx-developers-request@gromacs.org.</blockquote>
</div>
<br>
</body>
</html>