<span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">Hi GROMACS user group!&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">I've been having a question when I read the code of do_update_sd2 function in update.c file.&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ......&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; kT = BOLTZ*ref_t[n];&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; /* The mass is encounted for later, since this differs per atom */&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sig[n].V &nbsp;= sqrt(kT*(1-sdc[n].em));&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sig[n].X &nbsp;= sqrt(kT*sqr(tau_t[n])*sdc[n].c);&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sig[n].Yv = sqrt(kT*sdc[n].b/sdc[n].c);&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><b style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp;sig[n].Yx = sqrt(kT*sqr(tau_t[n])*sdc[n].b/(1-sdc[n].em));</b><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; // formula 1&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;......&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">And mostly sdc[n].b is calculated in the init_stochd function through the below code:&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ......&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sdc[n].gdt = ir-&gt;delta_t/ir-&gt;opts.tau_t[n];&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sdc[n].eph = exp(sdc[n].gdt/2);&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sdc[n].emh = exp(-sdc[n].gdt/2);&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sdc[n].em &nbsp;= exp(-sdc[n].gdt);&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ......&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ......&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; if (sdc[n].gdt &gt;= 0.05)&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; {&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</span><b style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">sdc[n].b = sdc[n].gdt*(sdc[n].eph*sdc[n].eph - 1)&nbsp;<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; - 4*(sdc[n].eph - 1)*(sdc[n].eph - 1);</b><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; // formula 2&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sdc[n].c = sdc[n].gdt - 3 + 4*sdc[n].emh - sdc[n].em;&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; sdc[n].d = 2 - sdc[n].eph - sdc[n].emh;&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; }&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ......&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">I found the code is not consistent with the formula (3.32) in the original paper,&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">W. F. Van Gunsteren &amp; H. J. C. Berendsen (1988): A Leap-frog Algorithm for Stochastic Dynamics, Molecular Simulation, 1:3, 173-185,&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">where the B function has a negative parameter. But the above formula 1 (in bold) has a positive parameter.&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">This contradiction is &nbsp;confusimg me. Is it a bug or just have I made a mistake?&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">I wonder whether this negligence might influence our simulation results.&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">Hope somebody corrects me if I am wrong.&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">Best wishes!&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">yours sincerely，&nbsp;</span><br style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);"><span style="color: rgb(69, 77, 75); font-family: Verdana, Geneva, Helvetica, Arial, sans-serif; font-size: 13.63636302947998px; line-height: normal; background-color: rgb(255, 255, 255);">Huaping Li</span><br>