<div dir="ltr">Dear Devels,<div><br></div><div>We&#39;ve been running some of our usual absolute binding free energy calculations using distance, dihedral, and angle restraints, this time on a larger system than normal (100k+ atoms).</div>
<div><br>What we&#39;ve found in this situation is that we get crashes reliably due to the dihedral restraints when running with domain decomposition. The errors are typically not helpful (LINCS warnings preceding a crash, sporadic domain decomposition errors, etc.). However, we&#39;ve established that these problems apparently go away using particle decomposition.</div>
<div><br></div><div>So, this is to ask: Are there expected issues with dihedral restraints and domain decomposition? (We apply restraints between our ligand and reference atoms in the protein). If what we&#39;re doing is not advised, it would be nice to know.</div>
<div><br></div><div>Thanks!<br>David</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br>David Mobley<br><a href="mailto:dmobley@gmail.com" target="_blank">dmobley@gmail.com</a><br>949-385-2436<br>
<div style="text-align:left"><font color="#666666" face="Arial, sans-serif"><br></font></div>
</div></div>