<div dir="ltr"><div><div><div>Hi.<br></div>I&#39;m trying to implement a fluctuating charge model into GROMACS (v 4.6.3).<br></div>I&#39;ve got the code for calculating the partial charges working (I think) and am updating the mdatoms-&gt;chargeA array each time step right before the Ewald / PME code in do_force_lowlevel(). However, after a few time steps the simulation crashes with a segmentation fault in nb_kernel_ElecEw_VdwLJ_GeomP1P1_F_sse2_single(). I&#39;m baffled by what could be causing this. Is GROMACS using the chargeA array anywhere else besides the PME code? Are the kernels somehow buffering it between different time steps?<br>
<br></div>Yuriy Khalak.<br></div>