<div dir="ltr">Hi,<div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">thanks for the feedback, that is much valued. Since I no longer actively use Gromacs for any research, but am more in a maintenance mode for the code, there can be some rough edges related to changes from 4.5/4.6 to the new way of working in 5.0. Most of the behavior should match g_select in 4.5/4.6, though.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 12, 2014 at 3:20 PM, Justin Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
I thought I would share a bit of feedback on the new implementation of g_dist. First off, I love the flexibility in the selections now, so that&#39;s great.  The only problem is that gmx distance does not behave like the other tools. Specifically, no list of available index groups is printed (default or otherwise, when using -n index.ndx).  I found that simply by pressing Enter when prompted for a selection, I can get a list of available groups, but that&#39;s not documented anywhere that I could find.  It was sort of a random guess when I stared at the screen and said, &quot;where are my groups?&quot;<br>
</blockquote><div><br></div><div>The rationale for not printing them by default was that with the selections, it should be much rarer to actually need to use the index groups. So in order to keep the output concise, they were printed only when explicitly requested. As they are now, many of the default index groups generate a lot of noise without providing much value: any group based on splitting by residue names only can be easily expressed as &quot;resname FOO&quot;. For selecting a protein or such, there can be some value, at least until the selections would provide convenient keywords for these. There&#39;s an open issue in Redmine about how the default groups should behave with selections: &lt;<a href="http://redmine.gromacs.org/issues/921">http://redmine.gromacs.org/issues/921</a>&gt;</div>
<div><br></div><div>Nevertheless, I now added that information into the prompt in &lt;<a href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/3262/">https://gerrit.gromacs.org/#/c/3262/</a>&gt;, since I agree that it may lower the barrier to use the tool. If the user doesn&#39;t care about the selections, they can now go as if they didn&#39;t exist. ;) The behavior was documented in &#39;help syntax&#39;, but that may not have been very easy to find. I thought of only printing them if a -n option was explicitly provided to address my concern from above, but didn&#39;t judge that worth the extra effort of passing that information around.</div>
<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
So the suggestion I have is that gmx distance should act like the other tools and print a list of available groups.  That way, we don&#39;t force the user to have to quit the program to refer to the index file or open up a new terminal and then move back and forth.</blockquote>
<div> </div><div>There&#39;s no need to exit the program or open a new terminal, since the information was still accessible. ;) </div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Teemu </div></div></div></div>