<div dir="ltr"><div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I&#39;ve come across a somewhat strange issue and I thought I&#39;d ask before filing a redmine - especially as I&#39;m not sure whether this is only a documentation/code self-documentation bug or a buggy behavior too.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I&#39;m running 5.0 RC1 (git), Verlet scheme with a small water box of ~500 molecules and -DFLEXIBLE with SHAKE constraints. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Trying to start a DD run I get this error:</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program mdrun_d, VERSION 5.0-rc1-dev-20140430-81378bd</div><div>Source code file: /home/pszilard/projects/gromacs/gromacs-5.0/src/gromacs/mdlib/constr.c, line: 1266</div>
<div><br></div><div>Fatal error:</div><div>SHAKE is not supported with domain decomposition and constraint that cross charge group boundaries, use LINCS</div><div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div>
<div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div><div>-------------------------------------------------------</div></div><div><br></div>
</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Now, this is inconsistent at least with the fact that charge groups are removed by grompp with the Verlet scheme. The documentation does point out that &quot;SHAKE does not support constraints between atoms on different nodes&quot;, though.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Looking a the code, the bInterCGcons that triggers it still refers to charge groups, so there is definitely room for improvement both in error message, variable naming, as well as documentation.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Cheers,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">--<br>Szilárd</div>
</div>
</div>