<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 14px; color: rgb(0, 0, 0);">
<div>Hi, Thomas-</div>
<div><br>
</div>
<div>One gold standard test Is the test published here:&nbsp;<a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300688p">http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct300688p</a>.</div>
<div><br>
</div>
<div>For 4.6.3, both leapfrog and velocity verlet worked for md/parrinello-rahman and md-vv/Martina-Tuckerman-Klein integrators, but there is certainly a possibility that there's some combination of options that could easily cause a problem that would not have
 the right ensemble.</div>
<div><br>
</div>
<blockquote id="MAC_OUTLOOK_ATTRIBUTION_BLOCKQUOTE" style="BORDER-LEFT: #b5c4df 5 solid; PADDING:0 0 0 5; MARGIN:0 0 0 5;">
<div>shows that the potential energy is rather constant in both cases but at a markedly higher value in case of the velocity-Verlet integrator. Temperature and pressure are very stable / only show normal fluctuations around the preset values.</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>For the test case, the difference is almost certainly because the same input velocities are interpreted differently depending on whether they are velocity verlet or leapfrog. &nbsp;The same input velocities will be interpreted in different ways. either as full
 step or half-step velocities. If you run at with any temperature control, or even with generated velocities, the average potential energies should be much closer.&nbsp;&nbsp;So I don't think you are testing whatever issue is occurring in the membrane simulation by this
 test. &nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>&gt; The initial velocities are zero.</div>
<div>&gt; I used a very small time step of 1 attosecond (.mdp option dt = 0.000001)</div>
<div>&gt; to minimize differences in the integration accuracy of the two integrators.</div>
<div>&gt; Each run comprises 10,000 steps. The initial velocities, coordinates and</div>
<div>&gt; forces are verified to be identical for all runs.</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Running &lt; 1 time period for any thermostat means that one is not really testing the thermostat; thermostats only really give the correct kinetic energy distribution if averaged over multiple time periods&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>&gt; The simulated system is a membrane protein in a POPE</div>
<div>&gt; bilayer with water and ions in an NpT ensemble. The symptom of the</div>
<div>&gt; possible bug is a repeated large decrease and subsequent decrease of</div>
<div>&gt; the membrane area from the normal value of ca 12.5 nm squared up to</div>
<div>
<div>&gt; ca. 23 nm squared and back.The protein conformation is not visibly affected.</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>What pressure control algorithm is being used? &nbsp;Were any warnings printed in those logs? &nbsp;If I were to hazard a guess, it would be the interaction with pressure control and the integrator.&nbsp;</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>&gt; The effect is also much less pronounced when using Stockholm-lipids</div>
<div>&gt; and Amber99SB-ILDN as force fields.</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Hmm. That doesn't make that much sense. &nbsp;It sounds like there's a lot of statistical non-reproducibility.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>~~~~~~~~~~~~</div>
<div>Michael Shirts</div>
<div>Assistant Professor</div>
<div>Department of Chemical Engineering</div>
<div>University of Virginia</div>
<div><a href="mailto:michael.shirts@virginia.edu">michael.shirts@virginia.edu</a></div>
<div>(434)-243-1821</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</body>
</html>