<html><head><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1"><style>body { line-height: 1.5; }blockquote { margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em; }body { font-size: 10.5pt; font-family: ????; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 1.5; }</style></head><body>
<div><span></span>Dose these functions will be called when mdrun?</div>
<div><br></div><hr style="width: 210px; height: 1px;" color="#b5c4df" size="1" align="left">
<div><span><div style="MARGIN: 10px; FONT-FAMILY: verdana; FONT-SIZE: 10pt"><div>xiexiaobin@sjtu.edu.cn</div></div></span></div>
<blockquote style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.5em;"><div>&nbsp;</div><div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm"><div style="PADDING-RIGHT: 8px; PADDING-LEFT: 8px; FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY:tahoma;COLOR:#000000; BACKGROUND: #efefef; PADDING-BOTTOM: 8px; PADDING-TOP: 8px"><div><b>From:</b>&nbsp;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">David van der Spoel</a></div><div><b>Date:</b>&nbsp;2014-08-21&nbsp;16:00</div><div><b>To:</b>&nbsp;<a href="mailto:gmx-developers@gromacs.org">gmx-developers</a></div><div><b>Subject:</b>&nbsp;Re: [gmx-developers] question for gromacs-5.0 source code</div></div></div><div><div>On 2014-08-21 09:57, xiexiaobin@sjtu.edu.cn wrote:</div>
<div>&gt; The functions in this file are like this:</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>It is googletest code to test the FFT routines.</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt; //TODO: test with threads and more than 1 MPI ranks</div>
<div>&gt; TEST_F(FFFTest3D, Real5_6_9)</div>
<div>&gt; {</div>
<div>&gt; int ndata[] = {5, 6, 9};</div>
<div>&gt; MPI_Comm comm[] = {MPI_COMM_NULL, MPI_COMM_NULL};</div>
<div>&gt; real * rdata;</div>
<div>&gt; t_complex* cdata;</div>
<div>&gt; ivec local_ndata, offset, rsize, csize, complex_order;</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt; gmx_parallel_3dfft_init(&amp;fft_, ndata, &amp;rdata, &amp;cdata,</div>
<div>&gt; comm, TRUE, 1);</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt; gmx_parallel_3dfft_real_limits(fft_, local_ndata, offset, rsize);</div>
<div>&gt; gmx_parallel_3dfft_complex_limits(fft_, complex_order,</div>
<div>&gt; local_ndata, offset, csize);</div>
<div>&gt; checker_.checkVector(rsize, "rsize");</div>
<div>&gt; checker_.checkVector(csize, "csize");</div>
<div>&gt; int size = csize[0]*csize[1]*csize[2];</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt; memcpy(rdata, inputdata, size*sizeof(t_complex));</div>
<div>&gt; gmx_parallel_3dfft_execute(fft_, GMX_FFT_REAL_TO_COMPLEX, 0, NULL);</div>
<div>&gt; //TODO use std::complex and add checkComplex for it</div>
<div>&gt; checker_.checkSequenceArray(size*2,</div>
<div>&gt; reinterpret_cast&lt;real*&gt;(cdata), "forward");</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt; memcpy(cdata, inputdata, size*sizeof(t_complex));</div>
<div>&gt; gmx_parallel_3dfft_execute(fft_, GMX_FFT_COMPLEX_TO_REAL, 0, NULL);</div>
<div>&gt; for (int i = 0; i &lt; ndata[0]*ndata[1]; i++) //check sequence but skip</div>
<div>&gt; unused data</div>
<div>&gt; {</div>
<div>&gt; checker_.checkSequenceArray(ndata[2], rdata+i*rsize[2],</div>
<div>&gt; gmx::formatString("backward %d", i).c_str());</div>
<div>&gt; }</div>
<div>&gt; }</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt; ------------------------------------------------------------------------</div>
<div>&gt; xiexiaobin@sjtu.edu.cn</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *From:* David van der Spoel &lt;mailto:spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *Date:* 2014-08-21 15:53</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *To:* gmx-developers &lt;mailto:gmx-developers@gromacs.org&gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *Subject:* Re: [gmx-developers] question for gromacs-5.0 source code</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On 2014-08-21 09:35, xiexiaobin@sjtu.edu.cn wrote:</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Hi,</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; I saw a source file fft.cpp that contains some test functions</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; under the</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; path gromacs-5.0\src\gromacs\fft\tests.What is it used for?Dose any</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; functions in other files will use this file's functions?</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; What does it look like? Testing. So the answer is probably no.</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; BR,</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Steve</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; xiexiaobin@sjtu.edu.cn &lt;mailto:xiexiaobin@sjtu.edu.cn&gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205.</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; http://folding.bmc.uu.se</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gromacs Developers mailing list</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * Please search the archive at</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; before posting!</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * For (un)subscribe requests visit</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</div>
<div>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or send a mail to gmx-developers-request@gromacs.org.</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt;</div>
<div>&gt;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>-- </div>
<div>David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology</div>
<div>Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.</div>
<div>Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205.</div>
<div>spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; http://folding.bmc.uu.se</div>
<div>-- </div>
<div>Gromacs Developers mailing list</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List before posting!</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>* For (un)subscribe requests visit</div>
<div>https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers or send a mail to gmx-developers-request@gromacs.org.</div>
</div></blockquote>
</body></html>