<div dir="ltr"><br><br><br>On Fri, Sep 5, 2014 at 3:25 PM, Rodrigo Faccioli &lt;<a href="mailto:rodrigo.faccioli@gmail.com">rodrigo.faccioli@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi Gromacs developers, <br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Based on Gromacs project Ideas [1] and feature wishlist [2], I am interested in two projects:<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; 1. Monte Carlo;<br>&gt;<br>&gt; 2. Modularization of the program pdb2gmx.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; In Monte Carlo, I would like to work with Gromacs 5 API integrated with my Monte Carlo implementation. Nowadays, my implementation uses Gromacs 4.6. I have already commented here about the first version of my project [3]. However, It was updated totally. Its new version can be found in [4].<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I have read about Gromacs 5 as library But, I am not sure what is the best way to implement it in my project. In [5] is an image of my data structure.  In solution_t, representation field  stores a protein conformation (protein_t) that is computed by Gromacs (here Gromacs is called by simple system commands) the potencial energy of this conformation. This energy value is stored at obj_values field. <br><br>We don&#39;t have a proper API for anything other than the writing analysis tools yet. We do have the other headers exported but it isn&#39;t a real API. Do you want to keep your MC a separate project or is it an option to contribute it to Gromacs? An API for integrator extensions is still a while in the future. We are of course always happy about contributions, but it might be quite a project to define a good API for that.<div><br></div><div>&gt; More specific, I would like to get help in two parts:<br>&gt;<br>&gt; How can I remove Gromacs system calls using Gromacs API?<br><br>Not sure what you mean with that.</div><div><br>&gt; Based on Gromacs API, is it a good practice modify my pdb_atom_t and top_global_t data structures for their respective  Gromacs structures? </div><div><br></div><div>Your copying the data into your structures? Without knowing the details that seems a bit inefficient (might not matter) but helps having a better interface. Seems reasonable.</div><div><br>&gt;<br>&gt; It is important to emphasize that all implemented algorithms in my project, they  use solution_t data structure to represent a solution that is a protein conformation or polymer (next release). For example, in [6] is the data structure of NSGA-II algorithm (it is multi-objective evolutionary algorithm). In this case ea_nsga2_t means an individual. Therefore, in obj_values field is stored more than one value of protein conformation such as Potential, Gyrate, number of Hydrogen Bond and others. All values are calculated by Gromacs. <br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; My second interest is Modularization of the program pdb2gmx. I would like to know about developers that have been working with it since I would like to participate/attend to this project idea.</div><div><br></div><div>I&#39;m not aware of anyone having started anything.</div><div><br></div><div>Roland</div><div><br></div><div>&gt;<br>&gt;<br>&gt; I&#39;ve seen that Mone Carlo there is 1137 issue [7]. Nonetheless, I haven&#39;t found for Modularization of the program pdb2gmx.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; [1] <a href="http://www.gromacs.org/Project_ideas">http://www.gromacs.org/Project_ideas</a><br>&gt;<br>&gt; [2] <a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Roadmap/Feature_wishlist">http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Roadmap/Feature_wishlist</a><br>&gt; [3] <a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/2013-September/007089.html">https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-developers/2013-September/007089.html</a><br>&gt; [4] <a href="http://lcrserver.icmc.usp.br/projects/2pg_cartesian">http://lcrserver.icmc.usp.br/projects/2pg_cartesian</a><br>&gt; [5] <a href="https://www.dropbox.com/s/z3z86h6jma1okid/all_typedef.png?dl=0">https://www.dropbox.com/s/z3z86h6jma1okid/all_typedef.png?dl=0</a><br>&gt; [6] <a href="https://www.dropbox.com/s/red11o3fr6h4lyo/nsga2_typedef.png?dl=0">https://www.dropbox.com/s/red11o3fr6h4lyo/nsga2_typedef.png?dl=0</a><br>&gt; [7] <a href="http://redmine.gromacs.org/issues/1137">http://redmine.gromacs.org/issues/1137</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Best regards,<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Rodrigo Antonio Faccioli, Ph.D<br>&gt; Development Software for Structural Biology<br>&gt; Barao de Maua University<br>&gt; University of Sao Paulo<br>&gt; Lindedin - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-antonio-faccioli/7/589/a5/">br.linkedin.com/pub/rodrigo-antonio-faccioli/7/589/a5/</a><br>&gt; Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br><br><br><br><br>--<br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br></div></div>