<div>Dear ALL,</div><div>&nbsp; &nbsp;I am trying to calculate the conserved energy (<span style="line-height: 1.5;">H-</span><span style="line-height: 1.5; white-space: pre-wrap;">tilde)</span><span style="line-height: 1.5;">&nbsp;in Bussi's v-rescale algorithm (jcp,2007).</span></div><div>Mark had mentioned that the <span style="line-height: 1.5; white-space: pre-wrap;">conserved En. in standard output file is the&nbsp;</span><span style="line-height: 1.5;">H in bussi's paper</span><span style="line-height: 1.5; white-space: pre-wrap;">.&nbsp;</span></div><div>According to the eq. 15 in bussi's paper, we just need to get the time integration of dK if we have had the H.</div><div>Although I know not too much about the source codes of gmx, <span style="line-height: 1.5;">I carefully checked the coupling.c file, and noticed a variable --&nbsp;</span><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">therm_integral[</span><a href="http://sourcecodebrowser.com/gromacs/4.5.2/gmx__lapack_8h.html#a5325f1842789194c441b272cbf424674" style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><span style="color:blue">i</span></a><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">]&nbsp;</span><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">in the fucntion </span><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5; color: blue;"><a href="http://" style="font-size: 12pt; line-height: 1.5;">vrescale_tcoupl</a>().</span></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><font color="#0000ff">The&nbsp;</font></span><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">therm_integral[</span><a href="http://sourcecodebrowser.com/gromacs/4.5.2/gmx__lapack_8h.html#a5325f1842789194c441b272cbf424674" style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><span style="color: blue;">i</span></a><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">]-</span><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">= Ek_new - Ek,</span><span style="font-size: 16px; line-height: 24px; color: rgb(0, 0, 255); font-family: 宋体;">seems like an accumulation of the -dK.</span></div><div><font color="#0000ff" face="宋体"><span style="font-size: 16px; line-height: 24px;">If it realy is the sum of -dK, the problem could become simple.</span></font></div><div><font color="#0000ff" face="宋体"><span style="font-size: 16px; line-height: 24px;">What I need to do is just like this: H-tilde=H-Tau-t*</span></font><span style="line-height: 1.5;">&nbsp;</span><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">therm_integral[</span><a href="http://sourcecodebrowser.com/gromacs/4.5.2/gmx__lapack_8h.html#a5325f1842789194c441b272cbf424674" style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><span style="color: blue;">i</span></a><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">].<span id="_editor_bookmark_start_8" style="display: none; line-height: 0px;">‍</span></span></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><br></span></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">Is that right?</span></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><br></span></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;">I really need your help.</span></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5;"><br></span></div><div><font face="宋体"><span style="font-size: 16px; line-height: 24px;">Any suggestion is valuable.</span></font></div><div><font face="宋体"><span style="font-size: 16px; line-height: 24px;"><br></span></font></div><div><font face="宋体"><span style="font-size: 16px; line-height: 24px;">Wade</span></font></div><div><br></div><div><span style="font-family: 宋体; font-size: 12pt; line-height: 1.5; color: blue;"><a href="http://sourcecodebrowser.com/gromacs/4.5.2/coupling_8c.html#a4475053adf83e29d7ab8da728e79d95d"><span id="_editor_bookmark_start_5" style="display: none; line-height: 0px;">‍</span></a></span></div>