<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi!<div><br></div><div>We (Kasson, Shirts, Abraham, Lindahl) have been planning a broader Gromacs API, but the spec isn&#39;t complete yet, and the project isn&#39;t fully staffed.  Speaking for myself at least, I would say that having some clean working code now is better than having beautiful plans.  So this sounds great!  A few comments below:</div><div><br></div><div>1.  Depending on how much you want to merge this into master and how much you want the code in master 2 years from now to look like your initial commits (i.e. future radical refactoring), please feel free to ignore the rest of what I say :).</div><div><br></div><div>2.  It&#39;s probably best to get an API spec reviewed before committing full code (or ideally before writing it).  If the code review consensus is that the design should look different, there&#39;s a lot less work that way.</div><div><br></div><div>3.  IMO the Python API should look a lot like the C++ API.  For most of Gromacs, the form of the C++ API isn&#39;t clear.  But for the analysis framework, Teemu has done a great job with that...</div><div><br></div><div>4.   Again, depending on your plans for how this code should relate to the Gromacs master, we should probably have a redmine discussion.</div><div><br></div><div>5.  Coding style--we use the following guidelines, and they&#39;re the ones I would advocate:  <a href="http://google-styleguide.googlecode.com/svn/trunk/pyguide.html">http://google-styleguide.googlecode.com/svn/trunk/pyguide.html</a></div><div><br></div><div>6.  Directory structure should probably mirror the module import structure.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>--Peter</div><div><br></div><div>----------------------------------------------------------------------<br>Peter Kasson, MD, PhD<br>Assistant Professor <br>Departments of Molecular Physiology and Biological Physics<br>and of Biomedical Engineering<br>University of Virginia</div></div></div>