<p dir="ltr">Hi,</p>
<p dir="ltr">I wanted to ask concerning soft-core potentials in GROMACS: How is it determined which atoms are soft core? Specifically, some other code bases allow the option to select specific atoms which are going to be treated with LJ soft core potentials, while other atoms are not treated in this way and maintain their normal potential or a linear mix of their A and B state potentials. In GROMACS, there is no option to select this that I am aware of, so I&#39;m assuming that soft core is applied to all atoms, or to all atoms which have different A and B states or different A and B state LJ parameters?</p>
<p dir="ltr">Thanks!<br>
David<br>
</p>