<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,&nbsp;<div><br></div><div>THere has been some work done on FF parameterization recently by the Grater group, see:&nbsp;<div><br></div><div><a href="http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/cp/c3cp55340j#!divAbstract">http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2014/cp/c3cp55340j#!divAbstract</a><div><div><div><br></div><div>Gerrit</div><div><br></div><div><br></div><div>On Nov 19, 2014, at 9:41 AM, Alex wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Dear developers,</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I really hope to get your attention.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I may be wrong, but GROMACS still doesn't have a reasonable built-in parameterization for graphene as part of any FF. There are some tutorials online, but they are all quite flaky, based on the parameterizations of organic molecules (as expected). Given the few rounds of chatting with the reviewers I've had for my last paper on the subject, the parameterization is sorely desired. So, maybe it could be a good idea for you to look into it, as people do want a proper model of graphene to simulate it in water in the presence of all the other things that GROMACS simulates so well.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">For a DREIDING-like model, here are possibly useful papers containing pretty much complete descriptions of the parameter sets:</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">1.&nbsp;J. H. Los et al<i>&nbsp;Scaling properties of flexible membranes from atomistic simulations: Application to graphene</i>, Phys Rev B.&nbsp;80, 121405R 2009.&nbsp;</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">(this model is parameterized by differentiating the&nbsp;LCBOPII bond-order potential, which fails at describing the phonon spectrum of graphene. No dihedral constraints, see below Fig. 1)</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">2.&nbsp;<span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;line-height:16.2000007629395px">A Shakouri, T Y Ng</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-size:12px;line-height:16.2000007629395px">&nbsp;and R M Lin&nbsp;</span></font><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12px;line-height:16.2000007629395px"><i>A new REBO potential based atomistic structural model for graphene sheets </i>Nanotechnology 22(29), 295711, 2011.</span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12px;line-height:16.2000007629395px">(no dihedrals here either, based on the second-generation bond-order potential, which fails in the harmonic spectrum)</span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12px;line-height:16.2000007629395px"><br></span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12px;line-height:16.2000007629395px">3. A. Smolyanitsky&nbsp;Molecular dynamics simulation of thermal ripples in graphene with bond-order-informed harmonic constraints, Nanotechnology 25(48), 485701, 2014.</span></font></div><div><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12px;line-height:16.2000007629395px">(this is my work, the parameterization does have dihedrals, and it is based on the phonon-optimized second-gen bond-order potential, which is described in ref #6 of this work).</span></font></div><div><br></div><div>For the most part, all of these parameterizations do not directly correspond to the "parent" potentials (except around 0 K), as spring-like FFs will generally present a relatively stiff model, but I think this info could be a small step forward. I hope this is useful. If you have any questions on the numbers, please do let me know.&nbsp;</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Sasha</div><div><br></div></div>
-- <br>Gromacs Developers mailing list<br><br>* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List before posting!<br><br>* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br><br>* For (un)subscribe requests visit<br>https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers or send a mail to gmx-developers-request@gromacs.org.</blockquote></div><br></div></div></div></body></html>