<div dir="ltr">Hi David,<br><br>Thanks for the reply. I am implementing an algorithm that modifies the coordinates during an MD run, but once the system is perturbed, it must be &quot;fixed&quot; before continuing MD (otherwise the system experiences high forces and GROMACS crashes). So calling energy minimization (SD) is one possible approach here. What does the function <span style="font-size:12.7272720336914px">relax_shells_fc() do exactly?</span><br><br>Another questions: does anyone know the difference between &quot;nr&quot; and &quot;homenr&quot; in the data struct &quot;t_mdatoms&quot; ?<br><br>Thanks!</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="georgia, serif"> <br></font><font color="#888888"><span style="font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><div style="font-family:arial,sans-serif"><b style="color:rgb(7,55,99);font-family:&#39;trebuchet ms&#39;,sans-serif;font-size:small">Andrew Abi-Mansour</b><font face="georgia, serif"><br></font></div></span></font></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sun, Feb 8, 2015 at 5:12 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 2015-02-07 17:44, Andrew AbiMansour wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Mark,<br>
<br>
Thank you for the reply. I decided to just test my own simple SD<br>
integrator. After calling do_force() I update the positions. Example:<br>
<br>
int i = 0, dim = 3;<br>
real sd_step_size = 0.01;<br>
<br>
    for(i = 0; i &lt; mdatoms-&gt;nr; i++)<br>
                      for(d = 0; d &lt; dim; d++) {<br>
                                state-&gt;x[i][d] += sd_step_size * f[i][d];<br>
<br>
<br>
The code *works* , but the output doesnt make much sense. When I print<br>
the force (f[i][d]), I get a lot of zeros. Am I doing this right? I&#39;m<br>
afraid I might not be accessing the forces (stored locally on each<br>
processor) correctly. Any suggestions?<br>
</blockquote>
<br></span>
It would be helpful to know what you are trying to achieve. Maybe the functionality can be found in the routine relax_shells_fc already?<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Thanks!<br>
<br>
<br>
*Andrew Abi-Mansour*<span class=""><br>
<br>
On Sat, Feb 7, 2015 at 6:54 AM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.com</a><br></span><span class="">
&lt;mailto:<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" target="_blank">mark.j.abraham@gmail.<u></u>com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
    Hi,<br>
<br>
    Probably you are over- or under-managing periodic boundaries and/or<br>
    domain decomposition. I would think you should refactor out of<br>
    do_steep exactly the part you need, since it&#39;s not designed to be a<br>
    callable utility routine. For example, you probably don&#39;t want it to<br>
    ever call em_dd_partition_system()...<br>
<br>
    Mark<br>
<br>
    On Sat, Feb 7, 2015 at 7:15 AM, Andrew AbiMansour<br></span><span class="">
    &lt;<a href="mailto:anabiman@umail.iu.edu" target="_blank">anabiman@umail.iu.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:anabiman@umail.iu.edu" target="_blank">anabiman@umail.iu.edu</a>&gt;<u></u>&gt; wrote:<br>
<br>
        Hi,<br>
<br>
        I would like to call the integrator function do_steep() from<br>
        within do_md(). I modified some constraints parameters in<br>
        t_inputrec before passing all the arguments supplied to do_md()<br>
        by the user to do_steep(). This simple approach, however, does<br>
        not work and GROMACS crashes complaining about a charge group<br>
        moving too far. The coordinates seem to change by several nano<br>
        meters over a single SD step. What is this happening? and Do you<br>
        have any suggestions on how to implement this right?<br>
<br>
        Thanks<br>
<br></span>
        *Andrew Abi-Mansour*<span class=""><br>
<br>
        --<br>
        Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
        * Please search the archive at<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/GMX-<u></u>developers_List</a><br>
        before posting!<br>
<br>
        * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
        * For (un)subscribe requests visit<br>
        <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/<u></u>mailman/listinfo/gromacs.org_<u></u>gmx-developers</a><br>
        or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@<u></u>gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-<u></u>request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
<br>
<br>
<br>
    --<br>
    Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
    * Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/GMX-<u></u>developers_List</a><br>
    before posting!<br>
<br>
    * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
    * For (un)subscribe requests visit<br>
    <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/<u></u>mailman/listinfo/gromacs.org_<u></u>gmx-developers</a><br>
    or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@<u></u>gromacs.org</a><br></span>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-<u></u>request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
<br>
<br>
<br>
<br><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  <a href="tel:%2B46184714205" value="+46184714205" target="_blank">+46184714205</a>.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a></font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-- <br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/GMX-<u></u>developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/<u></u>mailman/listinfo/gromacs.org_<u></u>gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@<u></u>gromacs.org</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>