<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you. Now merged.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Erik</div>
<div class=""><br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 13 Feb 2015, at 18:57, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com" class="">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div dir="ltr" class="">Hi Erik,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Yes, that should be fine.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">On a wider note, I'm out of time to do 5.1-beta1 today, so I'll try again Monday afternoon.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Cheers,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Mark</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br class="">
<div class="gmail_quote">On Fri, Feb 13, 2015 at 3:46 PM, Erik Marklund <span dir="ltr" class="">
&lt;<a href="mailto:erik.marklund@chem.ox.ac.uk" target="_blank" class="">erik.marklund@chem.ox.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br class="">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word" class="">
<div class="">Dear all,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
I’ve had a patch for review for a couple of weeks, being one &#43;1 from being accepted. It concerns a periodicity issue with gmx hbond that causes problems for non-periodic systems. May I ask you to consider reviewing&nbsp;<a href="https://gerrit.gromacs.org/#/c/4350/" target="_blank" class="">https://gerrit.gromacs.org/#/c/4350/</a>&nbsp;so
 that it can make it for 5.1? Although most simulations use periodic boxes there is a growing number of gas-phase studies and it would be a shame to keep users waiting for a fully functioning analysis tool when there is a committed bug fix.
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Kind regards,</div>
<div class="">Erik</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
<div class="">
<div style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word;" class="">
<div style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word;" class="">
<div style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; word-wrap: break-word;" class="">
<div class="">
<div class="">Erik Marklund, PhD</div>
<div class="">Postdoctoral Research Fellow, Fulford JRF</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Department of Chemistry</div>
<div class="">Physical &amp; Theoretical Chemistry Laboratory</div>
<div class="">University of Oxford</div>
<div class="">South Parks Road</div>
<div class="">Oxford</div>
<div class="">OX1 3QZ</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">
<div class="h5">
<div class="">On 10 Feb 2015, at 15:30, Magnus Lundborg &lt;<a href="mailto:magnus.lundborg@scilifelab.se" target="_blank" class="">magnus.lundborg@scilifelab.se</a>&gt; wrote:</div>
<br class="">
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="h5">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000" class="">
<div class="">Hi,<br class="">
<br class="">
Sounds good. It would be nice to get my latest TNG version patch in there, but it's on master, so perhaps it's already planned.<br class="">
<br class="">
Cheers,<br class="">
<br class="">
Magnus<br class="">
<br class="">
On 02/10/2015 04:00 PM, Mark Abraham wrote:<br class="">
</div>
<blockquote type="cite" class="">
<div dir="ltr" class="">Hi,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sorry for quietness on the management front, I've had a bunch of non-code tasks lately. We're a few weeks behind on my original timeline for 5.1-beta1. Various people had expressed hopes of putting code on gerrit, but few things have actually
 appeared, so I think we should pretty much regard the feature stuff on gerrit now as the maximum extent of 5.1. There's still a bunch of dead / experimental patches on gerrit that won't make the 5.1 cut, of course. Please speak up super-fast if that's a problem
 - you should have had code in gerrit a month and more ago!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">So I plan to roll 5.1-beta1 from master HEAD on Friday, and branch release-5-1 and Jenkins infrastructure at that time. Per my original suggestion, release-5-1 will be open for &quot;feature&quot;-type content for a few weeks while we deal with remaining
 code review of things currently on master. Once we release 5.1-rc1 (perhaps after another beta if appropriate) then features are frozen. The gerrit cherry-pick feature should be good for people to make clear that they are proposing a &quot;feature&quot; patch for release-5-1.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I'd like to see a couple more of the new Sphinx-based docs commits at
<a href="https://gerrit.gromacs.org/#/q/status:open&#43;project:gromacs&#43;branch:master&#43;topic:docs" target="_blank" class="">
https://gerrit.gromacs.org/#/q/status:open&#43;project:gromacs&#43;branch:master&#43;topic:docs</a> get merged, so that we can invite users to give feedback or contribute docs.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">It would be great for our colleagues at StreamComputing if we get their OpenCL work out to the world in the first beta; I know Berk has given some feedback but is basically OK with the commit. Szilard has a few outstanding questions we can probably
 resolve quickly. I have a reservation about whether using more than one Nvidia GPU works, but since that is in any case not a useful configuration for performance, we can hack a temporary fatal error in front of that and ship something usable.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Szilard's CUDA work needs to get in, but the remaining issues there are minor, I think.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Berk's halo-decomposition is not yet clearly useful (right, Berk?) so perhaps we will leave that on the shelf for now.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Erik's SIMD support patches need one more reviewer. It would be nice to be able to say to hardware devs that we already have preliminary support in released code when early-phase testing is on the cards.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Happy hacking!</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Mark</div>
</div>
<br class="">
<fieldset class=""></fieldset> <br class="">
</blockquote>
<br class="">
</div>
</div>
</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888" class="">-- <br class="">
Gromacs Developers mailing list<br class="">
<br class="">
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank" class="">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class="">
<br class="">
* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank" class="">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class="">
<br class="">
* For (un)subscribe requests visit<br class="">
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to
<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</font></span></div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
<br class="">
--<br class="">
Gromacs Developers mailing list<br class="">
<br class="">
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" target="_blank" class="">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class="">
<br class="">
* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank" class="">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class="">
<br class="">
* For (un)subscribe requests visit<br class="">
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" target="_blank" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to
<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br class="">
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
-- <br class="">
Gromacs Developers mailing list<br class="">
<br class="">
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" class="">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br class="">
<br class="">
* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" class="">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br class="">
<br class="">
* For (un)subscribe requests visit<br class="">
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" class="">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to
<a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" class="">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>